Witkowice – obszar Krakowa wchodzący w skład Dzielnicy IV Prądnik Biały, dawna wieś.
Przez Witkowice przepływają Prądnik (Białucha) i Bibiczanka. Znajduje się tu Park Leśny Witkowice.
Historia Jan Długosz w Historii Polski zapisał, iż wsie w dolnym biegu rzeki nazywano Prądnikiem. Były one własnością kościelną. Początkowo należały do biskupów krakowskich i opactwa benedyktynów w Tyńcu. Prepozyt Wit (łac. Witus) (wg Kalendarza katedry wawelskiej zmarł w 1248 roku) podarował kapitule krakowskiej wieś Prądnik i dwa działy w Marszowicach. Informację ta powtórzył Długosz w Liber benefictorum dioecesis Cracoviensis dodając, że na cześć prepozyta część wsi nazwano Witkowicami.
Witkowice były wsią prestymonialną i oddawano ją w czasowe użytkowanie kanonikom w zamian za ustaloną roczną opłatę do kasy kapituły. Takich wsi w diecezji krakowskiej było 21, ale w XV wieku Witkowice zaliczały się do najbogatszych (po Bieżanowie i Wyciążach).
10 lutego 1440 roku król Władysław III Warneńczyk wydał dokument przenoszący Witkowice z prawa polskiego na niemieckie. Dokument na prośbę kapituły w 1464 roku ponownie wydał Kazimierz IV Jagiellończyk.
Po wybuchu I wojny światowej ewakuowano sąsiednie wsie, (jak zapisano w kronice parafii w Zielonkach) z wyjątkiem Witkowic i Górki Narodowej.
Po odzyskaniu niepodległości Witkowice znalazły się w powiecie krakowskim należącym do utworzonego w 1920 roku województwa krakowskiego. Do 1933 roku Witkowice wraz z Górką Narodową tworzyły jedną z wielu gmin wiejskich. Na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów z lipca 1934 roku powstała gmina zbiorowa Zielonki, a Witkowice wraz z Górka Narodową stały się gromadą. W połowie XIX wieku na terenie wsi zlokalizowano umocnienia ziemne zewnętrznego pierścienia Twierdzy Kraków oraz prochownię, którą w 1927 r. zniszczył wraz z częścią zabudowy wsi potężny wybuch amunicjiDorota Gut Eksplozja, od której zatrząsł się Kraków..
Dekret podpisany przez kierownika Wydziału Spraw Wewnętrznych w rządzie Generalnego Gubernatorstwa z 28 maja 1941 roku włączył z dniem 1 czerwca 1941 tereny Witkowic do Krakowa. Wieś stała się XXXIL dzielnicą katastralną. Ponieważ dekret PKWN uznał wszystkie wprowadzone zmiany przez władze okupacyjne za nieważne, a mieszkańcy wsi chcieli pozostać mieszkańcami Krakowa, 25 października 1948 roku Rada Ministrów wydała rozporządzenie o zmianie granic miasta. Zostało ono opublikowane 18 listopada 1948 z mocą obowiązującą od 18 stycznia 1945 roku (aby utrzymać ciągłość prawną). Gdy w 1954 roku podzielono Kraków na 6 dzielnic Witkowice znalazły się w dzielnicy Kleparz, a po kolejnej zmianie podziału administracyjnego miasta od 1 stycznia 1973 w dzielnicy Krowodrza. Wprowadzono wtedy nową numerację posesji. Gdy w 1991 roku Rada Miasta uchwaliła nowy podział administracyjny na 18 dzielnic Witkowice znalazły się na terenie IV Prądnik Biały.
Po II wojnie światowej majątek należący do kapituły katedralnej, liczący 115 ha, nie został rozparcelowany ponieważ dekret o reformie rolnej wyłączał z niej własność kościelną. Po uchwaleniu stawy o przejściu na własność państwa majątków należących do związków wyznaniowych 4 kwietnia 1950 roku majątek kapituły katedralnej został przejęty przez państwo ( z wyłączeniem 5 ha w otoczeniu kaplicy św. Magdaleny) i wydzierżawiony przedsiębiorstwu hodowli roślin w Górce Narodowej. Na mocy ustawy z 17 maja 1989 w 1994 roku Kościołowi zwrócono 50 ha gruntu w Witkowicach, którego właścicielem ( po ustaleniach wewnątrzkościelnych) stało się Wyższe Seminarium Duchowne Archidiecezji Krakowskiej.
Zachowała się pochodząca z 1632 r. przydrożna figura Męki Pańskiej. W 1832 roku polecono dzierżawcom zaniedbaną kapliczkę, która się przewróciła „kosztem włościan w tym samym miejscu postawić”. Zrobiono to rok później co upamiętnia umieszczony na niej napis.
W latach 90. nad doliną Prądnika wzniesiono Osiedle Witkowice Nowe.
Szkoła Podstawowa nr 68 Rozporządzeniem Rady Szkolnej Krajowej z 24 czerwca 1882 roku powołano w Witkowicach jednoklasową szkołę ludową mieszaną (koedukacyjną) uczęszczały do niej również dzieci z Górki Narodowej. Przez kilka lat nie miała ona własnego budynku. Dopiero w 1889 roku kupiono od Bartłomieja Sienki dom z dwoma morgami gruntu i zbudowano na nim nowy budynek szkolny. Został on poświęcony 25 czerwca 1890 roku. W 1920 wprowadzono plan nauczania szkoły czteroklasowej, a w 1925 formalnie przekształcono ją w szkołę 4-klasową. W 1931 roku została uznana za pięcioklasową, a 15 listopada 1937 przemianowana na publiczna szkołę powszechną stopnia III. W 1936 roku podjęto decyzję o budowie nowego budynku szkolnego, który ukończono w 1938 planując wykończenie w 1939 roku. Naukę w szkole wznowiono 1 lutego 1945 roku realizując przedwojenny program nauczania. Nowy budynek oddano do użytku 15 grudnia 1948 roku nadając szkole imię Bolesława Bieruta. Ponieważ nie wszystko było wykończone naukę w nim rozpoczęła się dopiero 1 września 1949 roku. Nazwisko Bieruta z nazwy szkoły usunięto na początku 1983 roku. W 1998 roku do budynku dobudowano salę gimnastyczną. W 2009 roku rozpoczęto budowę nowego skrzydła.
W Witkowicach urodził się znany aktor Jerzy Bińczycki, odtwórca roli m.in. Bogumiła Niechcica w filmie Noce i dnie w reżyserii Jerzego Antczaka. W kwietniu 2001 roku nadano jego imię Szkole Podstawowej nr 68.
Kaplica św. Magdaleny W ogrodzie dworu kapituły krakowskiej ok. 1677 r. wystawiono zachowaną do dziś murowaną ośmioboczną kaplicę św. Magdaleny. Fundatorem był Jan Chryzostom Bodzenta. Fakt ten upamiętniono tablicą pamiątkową wmurowaną w ściany po jego śmierci (w 1678 roku). Barokowa kaplica ma kształt ośmiokąta, z wejściem od zachodu, kopułą krytą gontem zwieńczona latarnią z miedzianą gałką i złotym krzyżem na szczycie. W ścianach 4 półkoliste od góry okna, a w rogach pilastry zakończone korynckimi kapitelami. Według zapisów z wizytacji z 1727 roku (i późniejszych) w ołtarzy głównym znajdował się niewielki obraz Ukrzyżowanego ze św. Marią Magdaleną pod jego nogami i aniołkami przy ranach Pańskich zbierającymi krew do kielichów. W 1746 na ołtarzu pojawia się jeszcze mały obraz Matki Boskiej.
Z protokołu wizytacji z 1783 roku dowiadujemy się, że w kaplicy na święto Marii Magdaleny (22 lipca) odprawiano nabożeństwo z udziałem wielu kapłanów. Według inwentarza z 1815 roku kaplica była w złym stanie. Gach był zgniły i woda niszczyła wnętrze. Zniszczoną kaplicę uwiecznił ok. 1850 roku na akwareli Bogumił Gąsiorowski. Kaplicę odbudował pod konie XIX wieku kanonik Jozefat Sobierajski. Zamówił w Poroninie ołtarz z drzewa sosnowego, który został wykonany według projektu Edgara Kovatsa i umieścił w nim sprowadzoną z Rzymu (poświęconą przez papieża Leona XIII) kopie obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Uzyskał on również pozwolenie na odprawianie w niej mszy św. Raz w miesiącu odprawiali w niej nabożeństwa księża z parafii w Zielonkach.
27 lipca 1994 roku kaplice wpisano do rejestru zabytków województwa małopolskiego pod numerem A-1032.
Dekretem kardynała Franciszka Macharskiego 25 grudnia 2000 roku została utworzona Parafia św. Magdaleny, która początkowo korzystała z kaplicy. Gdy latach 2001–2005 zbudowano nowy kościół kaplicę włączono do korpusu świątyni.
Zakład Leczniczo-Wychowawczy dla Dzieci Jagliczych W ramach twierdzy Kraków terenie Witkowic obok składnicy amunicji zbudowano koszary barakowe, które służyły oddziałom rezerwy. Było to 11 krytych papą baraków, na ceglanej podmurówce. Cztery dla żołnierzy i jeden dla oficerów. W pozostałych umieszczono jadalnię, magazyn, stajnię, wartownię i pomieszczenia gospodarcze. Pod koniec wojny w barakach zamieszkali internowani żołnierze Legionów. Po zakończeniu wojny władze wojskowe zgodziły się na wydzierżawienie baraków na 10 lat Książęco-biskupiemu Komitetowi Pomocy dla Dotkniętych Klęska Wojny (KBK). Postanowiono do nich przenieść z Oświęcimia prowizoryczny zakład leczniczy dla dzieci zagrożonych jaglicą( między innymi sierot z ewakuowanych przymusowo do Chocenia). 7 hektarowy teren ogrodzono drutem kolczastym i zadrzewiono. Baraki były w złym stanie. Nie było bieżącej wody, światła i kanalizacji. 1 października 1919 roku Kazimierz Majewski i Emil Godlewski i bp Adam Sapieha otwarli „Zakład Trachotomatyczny w Witkowicach pod zarządem Książęco-Biskupiego Komitetu". Zamieszkało w nim ok. 150 dzieci w wieku od roku do 16 lat. W 2 barakach urządzono pomieszczenia dla personelu, infirmerię (z 20 łóżkami), kancelarię, mieszkanie administratorki i jadalnię personelu, a w pozostałych sypialnie i sale do nauki dla dzieci. Magazyny, stajnie i obory ulokowano w osobnych budynkach. Aby nie dochodziło do wtórnych zakażeń dzieci podzielono na 3 grupy: z rozwiniętą jaglica, lekko chore i ozdrowieńców. Dzieci chore nie tylko mieszkały w odizolowanych (ogrodzonych) barakach, ale miały również własny plac zabaw i ogród. Po otwarciu zakładu prowadzono prace remontowe: naprawiono ściany i podłogi, postawiono nowe piece, urządzono kuchnię. Ponieważ były likwidowane agendy KBK w czerwcu 1921 roku biskup Sapieha zaproponował Uniwersytetowi Jagiellońskiemu przekazanie w formie darowizny zakładu wraz z inwentarzem pod warunkiem utrzymania zakładu i wychowywania dzieci w wierze katolickiej. Ofertę przyjęto 1 września 1921 roku. Zmieniono nazwę na „Zakład Leczniczo-Wychowawczy dla Dzieci Jagliczych w Witkowicach”. Zwiększała się ilość dzieci w zakładzie: w 1923–278, w 1925–318, a w 1927–372. Od 1923 roku, po otwarciu podobnego zakładu dla chłopców w Białymstoku do Witkowic kierowano tylko dziewczęta. Ponieważ jaglica nie była chorobą epidemiczną pobyt w zakładzie był płatny. Za dzieci płacili opiekunowie lub sierocińce i zakłady wychowawcze. Aby obniżyć koszty rozwijano samodzielne gospodarstwo. Utrzymywano inwentarz i zatrudniano własnych szewców, stolarzy, krawcowe itd. W 1926 roku, aby nie płacić czynszu dzierżawnego podjęto starania o wykupienie od wojska budynków i gruntu.
5 czerwca 1927 roku miał miejsce wybuch znajdującej się ok. 200 metrów od zakładu prochowni. Dzieci w tym czasie przebywały w jadalni, budynkach mieszkalnych i ogrodzie. W barakach zostały zniszczone stropy i ściany, został całkowicie zniszczony barak administracyjny, a 4 wymagały rozebrania do fundamentów, Niektóre dzieci trzeba było wydobywać spod gruzów, część z nich była ranna, ale żadne z 400 przebywających w zakładzie nie zginęło. Po wybuchu dokonano nowej wyceny terenu i w lipcu 1927 roku Ministerstwo Spraw Wojskowych sprzedało UJ teren i resztki zabudowań za kwotę 113 tysięcy złotych (wcześniej wyceniony na 200 tysięcy). Dodatkowo Uniwersytet dokupił 5 ha przylegającego do terenu zakładu gruntu z przeznaczeniem na uprawy. Podczas odbudowy ocalałe baraki zaadaptowano na cele szpitalne, a na potrzeby zakładu zbudowano nowe budynki według projektu Wacława Krzyżanowskiego. Powstały cztery parterowe pawilony (trzy większe i jeden mniejszy) ustawione symetrycznie. Każdy miał dwa wejścia. Do jednego pawilonu dobudowano salę gimnastyczną, a w 1929 roku ukończono kaplicę. W 1932 roku powstał piętrowy budynek administracyjny. Budynki otynkowano, niektóre ozdobiono pasami klinkierowej cegły.
Ponieważ stopniowo opanowywano chorobę i likwidowano inne tego typu zakłady w 1933 roku Ministerstwo Opieki Społecznej podjęło decyzję o mianowaniu zakładu w Witkowicach centralnym zakładem leczniczo-wychowawczym dla dzieci jaglicznych dla obu płci. W 1928 roku do zakładu doprowadzono prąd elektryczny, a w 1930 zbudowano własny wodociąg.
W latach 30. Zakład stał się formalnie oddziałem Kliniki Okulistycznej UJ, a w 1939 roku powołano przy Klinice Instytut Trachomatologiczny.