thumb|Drzewo filogenetyczne świata żywego E. Haeckla z roku 1866. Gałąź nr 13 – Inophyta – wyrasta z gałęzi roślin i dzieli się na dwie gałęzie: Lichenes i Fungi, rozgałęziające się dalej Klasyfikacja systematyczna grzybów – klasyfikacja biologiczna organizmów należących do królestwa grzyby (Fungi). Zgodnie z tradycją stosowane w niej są zasady nomenklatury botanicznej, w tym określanie w polskojęzycznym nazewnictwie nazwy gromada dla jednostki taksonomicznej Phylum. Mimo to jednostka ta bywa określana przez niektórych autorów jako typ, co jest typowe dla nomenklatury zoologicznej.
Systematyka grzybów, jak wszystkich grup organizmów, ulega przekształceniom w miarę uzyskiwania nowych informacji dotyczących ich filogenezy i pokrewieństwa. Początkowo systematyka opierała się na danych morfologicznych i anatomicznych. Skutkowało to podziałem na nie do końca formalne grupy grzybów wyższych i grzybów niższych. Grzyby wyższe dzielono na dwie grupy przede wszystkim na podstawie budowy zarodni (podstawczaki i workowce). Grzyby niższe dzielono na podstawie cech anatomicznych, takich jak obecność i liczba wici lub budowa ściany komórkowej. W miarę postępu metod badawczych coraz większą wagę mają odkrycia filogenetyki molekularnej. W danym okresie pewien system może zdobywać największą aprobatę specjalistów, lecz zwykle równolegle stosowane są systemy nieco różniące się w szczegółach. Często również takson w jednym systemie odpowiada taksonowi innej rangi w innym systemie (np. najogólniejszy takson obejmujący workowce miewa rangę podklasy (Ascomycetes), podgromady (podtypu) (Ascomycotina) lub gromady (typu) (Ascomycota)).
Według tradycyjnych poglądów grzyby były uznawane za rośliny. Koncepcja ujęcia grzybów jako jednego z sześciu królestw natury ożywionej przedstawiona została przez Teodora L. Jahna i Frances F. Jahn w 1949 w publikacji „How to Know the Protozoa”, natomiast w 1959 zawarł je również Robert Whittaker w klasyfikacji uwzględniającej 5 królestw, nie zachowano jednak w obu przypadkach prawidłowej nomenklatury łacińskiej, więc takson Fungi funkcjonował nieformalnie. W klasyfikacji opracowanej w 1980 przez Royalla Moore’a, prawidłowo opisano takson. Moore nie zawarł jednak odniesień do wcześniejszych prac Jahnów ani Whittakera, mimo że ich nazewnictwo powszechnie funkcjonowało.
Kontrowersje i trudności klasyfikacyjne w tradycyjnej systematyce grzybów Grzyby niedoskonałe
Przed rozwinięciem metod filogenetyki molekularnej systematyka grzybów nastręczała trudności wynikających z biologii przedstawicieli tej grupy odmiennej od biologii typowych roślin i zwierząt. U wielu grzybów nieznane są (lub przez długi czas były) procesy płciowe, których zróżnicowanie jest często podstawą klasyfikacji taksonomicznej, a budowa jest mało skomplikowana (pleśń lub postać przypominająca drożdże). W związku z tym te grzyby, których pokrewieństwa z innymi grupami nie dało się ustalić, zaliczano do sztucznego taksonu „grzyby niedoskonałe”.
Porosty
Kontrowersyjny jest również status porostów, które są układami symbiotycznymi grzybów i glonów. Tradycyjnie porosty są traktowane nie jak układy organizmów, lecz jak pojedyncze organizmy, mając własną systematykę. We współczesnych systemach często jednak odrębność porostów nie jest uwzględniana i poszczególne ich taksony są włączane do taksonów grzybów (np. chrobotek jest zaliczany do workowców z pominięciem taksonu „porosty workowe”).
Inne grupy W zależności od koncepcji taksonomicznej, do grzybów włączane były lub są różne grupy organizmów. Wśród grup zaliczanych dawniej powszechnie do grzybów, obecnie zaś przez większość taksonomów do innych grup, są m.in. śluzowce i lęgniowce. Część z nich włączana jest do królestwa Protista jako nieformalna grupa protistów grzybopodobnych.
Współczesne systemy klasyfikacyjne Aktualna klasyfikacja Powszechnie obecnie przyjętym systemem klasyfikacji grzybów jest Index Fungorum oparty na kolejnych edycjach Dictionary of the Fungi. Jest to system sukcesywnie aktualizowany o nowe badania nad filogenetyką grzybów, w związku z czym pozycja wielu taksonów w tym systemie ulega zmianie po opublikowaniu nowych ustaleń taksonomicznych. Jest to system otwarty, tzn. że wiele taksonów (zwłaszcza tzw. grzybów niedoskonałych) nie ma ustalonej szczegółowej pozycji w systemie, a brakujące taksony są opisane jako Incertae sedis. Królestwo Fungi w systemie tym podzielone jest na typy i rodzaje Incertae sedis o nieokreślonej pozycji taksonomicznej. Ich podawana w innych systemach klasyfikacyjnych szczegółowa pozycja taksonomiczna jest sztuczna i niepewna, szczegółowa systematyka w Index Fungorum zostanie podana dopiero po ustaleniu ich pokrewieństwa: typ Ascomycota – workowce typ Basidiomycota – podstawczaki typ Blastocladiomycota – pączkorostowe typ Chytridiomycota – skoczkowce typ Entomophthoromycota typ Glomeromycota – grzyby kłębiakowe typ Mucoromycota Doweld 2001 typ Neocallimastigomycota M.J. Powell 2007 typ Sanchytriomycota Galindo, López-García, Torruella, Karpov & Moreira 2021 typ Zoopagomycota Gryganskyi, M.E. Sm., Spatafora & Stajich 2016 typ Zygomycota – sprzężniaki typ Incertae sedis.
Klasyfikacja systematyczna Catalogue of Life (2005-2009) Edycja Catalogue of Life: „2009 Annual Checklist”Bisby FA, Roskov YR, Orrell TM, Nicolson D, Paglinawan LE, Bailly N, Kirk PM, Bourgoin T, Baillargeon G., eds (2009). Species 2000 & ITIS Catalogue of Life: 2009 Annual Checklist. Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2009/ Species 2000: Reading, UK. przedstawia następującą klasyfikację systematyczną grzybów, z podstawowym podziałem na 8 gromad i zawierającą dwa rodzaje o nieustalonej przynależności do gromad: gromada Ascomycota klasa Arthoniomycetes klasa Dothideomycetes klasa Eurotiomycetes klasa Laboulbeniomycetes klasa Lecanoromycetes klasa Leotiomycetes klasa Lichinomycetes klasa Neolectomycetes klasa Orbiliomycetes klasa Pezizomycetes klasa Pneumocystidomycetes klasa Saccharomycetes klasa Schizosaccharomycetes klasa Sordariomycetes klasa Taphrinomycetes rząd incertae sedis Lahmiales rząd incertae sedis Medeolariales rząd incertae sedis Triblidiales gromada Basidiomycota klasa Agaricomycetes klasa Agaricostilbomycetes klasa Atractiellomycetes klasa Classiculomycetes klasa Cryptomycocolacomycetes klasa Cystobasidiomycetes klasa Dacrymycetes klasa Entorrhizomycetes klasa Exobasidiomycetes klasa Microbotryomycetes klasa Mixiomycetes klasa Pucciniomycetes klasa Tremellomycetes klasa Ustilaginomycetes klasa Wallemiomycetes rząd incertae sedis Malasseziales gromada Blastocladiomycota klasa Blastocladiomycetes gromada Chytridiomycota klasa Chytridiomycetes klasa Monoblepharidomycetes gromada Glomeromycota klasa Glomeromycetes gromada Microspora klasa Microsporea gromada Neocallimastigomycota klasa Neocallimastigomycetes gromada Zygomycota rząd incertae sedis Asellariales rząd incertae sedis Basidiobolales rząd incertae sedis Dimargaritales rząd incertae sedis Endogonales rząd incertae sedis Entomophthorales rząd incertae sedis Harpellales rząd incertae sedis Kickxellales rząd incertae sedis Mortierellales rząd incertae sedis Mucorales rząd incertae sedis Zoopagales rodzaje incertae sedis: Rozella, Variolaria Poprzednie edycje Catalogue of Life przezentowały ją następująco:
„2005 Annual Checklist”FA Bisby, MA Ruggiero, KL Wilson, M Cachuela-Palacio, SW Kimani, YR Roskov, A Soulier-Perkins and J van Hertum, eds (2005). Species 2000 & ITIS Catalogue of Life: 2005 Annual Checklist. Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2005/ Species 2000: Reading, U.K. „2006 Annual Checklist”FA Bisby, MA Ruggiero, YR Roskov, M Cachuela-Palacio, SW Kimani, PM Kirk, A Soulier-Perkins and J van Hertum, eds (2006). Species 2000 & ITIS Catalogue of Life: 2006 Annual Checklist. Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2006/ Species 2000: Reading, U.K. „2007 Annual Checklist”FA Bisby, YR Roskov, MA Ruggiero, TM Orrell, LE Paglinawan, PW Brewer, N Bailly, J van Hertum, eds (2007). Species 2000 & ITIS Catalogue of Life: 2007 Annual Checklist. Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2007/. Species 2000: Reading, U.K.„2008 Annual Checklist”Bisby FA, Roskov YR, Orrell TM, Nicolson D, Paglinawan LE, Bailly N, Kirk PM, Bourgoin T, van Hertum J, eds (2008). Species 2000 & ITIS Catalogue of Life: 2008 Annual Checklist. Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/2008/. Species 2000: Reading, U.K. gromada Ascomycota klasa Ascomycetes klasa Pneumocystidomycetes klasa Saccharomycetes klasa Schizosaccharomycetes klasa Taphrinomycetes gromada Ascomycota klasa Ascomycetes klasa Pneumocystidomycetes klasa Saccharomycetes klasa Schizosaccharomycetes klasa Taphrinomycetes gromada Ascomycota klasa Ascomycetes klasa Pneumocystidomycetes klasa Saccharomycetes klasa Schizosaccharomycetes klasa Taphrinomycetes gromada Basidiomycota klasa Basidiomycetes klasa Urediniomycetes klasa Ustilaginomycetes gromada Basidiomycota klasa Basidiomycetes klasa Urediniomycetes klasa Ustilaginomycetes gromada Basidiomycota klasa Basidiomycetes klasa Urediniomycetes klasa Ustilaginomycetes klasa Wallemiomycetes gromada Chytridiomycota klasa Chytridiomycetes gromada Chytridiomycota klasa Chytridiomycetes gromada Chytridiomycota klasa Chytridiomycetes gromada „Fossil Fungi” (skamieniałości) gromada Glomeromycota klasa Glomeromycetes gromada Glomeromycota klasa Glomeromycetes gromada Zygomycota klasa Trichomycetes klasa Zygomycetes gromada Zygomycota klasa Trichomycetes klasa Zygomycetes gromada Zygomycota klasa Trichomycetes klasa Zygomycetes
Klasyfikacja systematyczna według „Systema Naturae 2000” (2007) Według klasyfikacji Systema Naturae 2000Brands, S.J. (comp.) 1989-2007. Systema Naturae 2000. The Taxonomicon. Universal Taxonomic Services, Amsterdam, The Netherlands. http://sn2000.taxonomy.nl/., królestwo grzybów (Fungi T.L. Jahn & F.F. Jahn ex R.T. Moore) zawiera:
Klasyfikacja systematyczna Hibbetta i współautorów (2007) W 2007 zaproponowano w pracy pod redakcją Davida Hibbetta: „A higher level phylogenetic classification of the Fungi”, podział systematyczny królestwa Fungi oparty na komórkowych badaniach filogenetycznych. Największe zmiany dotyczą gromad sprzężniowców (Zygomycota) i skoczkowców (Chytridiomycota). Taksony należące wcześniej do Zygomycota zostały umieszczone w gromadzie grzybów mikoryzowych (Glomeromycota) lub utworzono dla nich odrębne podgromady o niepewnej przynależności systematycznej (Incertae sedis). Gromada Chytridiomycota pozostała, jednak wydzielono z niej odrębne gromady uwicionych grzybów: Blastocladiomycota i Neocallimastigomycota.
Zgodnie z tą klasyfikacją grzyby dzieli się na: podkrólestwo Dikarya Hibbett, T. Y. James & Vilgalys gromada Ascomycota Bold ex Caval.-Sm. gromada Basidiomycota Bold ex R. T. Moore gromada Blastocladiomycota T.Y. James klasa Blastocladiomycetes T. Y. James gromada Chytridiomycota M. J. Powell klasa Chytridiomycetes Caval.-Sm. klasa Monoblepharidomycetes J. H. Schaffn. gromada Glomeromycota C. Walker & A. Schüssler klasa Glomeromycetes Caval.-Sm. gromada Microsporidia Balbiani gromada Neocallimastigomycota M. J. Powell klasa Neocallimastigomycetes M. J. Powell podgromada Entomophthoromycotina Humber rząd Entomophthorales G. Winter podgromada Kickxellomycotina Benny rząd Asellariales Manier ex Manier & Lichtw. rząd Dimargaritales R. K. Benj. rząd Harpellales Lichtw. & Manier rząd Kickxellales Kreisel ex R. K. Benj. podgromada Mucoromycotina Benny rząd Endogonales F. Moreau ex R. K. Benj. rząd Mortierellales Caval.-Sm. rząd Mucorales Fr. podgromada Zoopagomycotina Benny rząd Zoopagales Bessey ex R. K. Benj. rodzaje: Basidiobolus, Caulochytrium, Olpidium, Rozella;
Systemy z przełomu XX i XXI w. Klasyfikacje systematyczne Cavaliera-Smitha (1998, 2004)