Historia Kirgistanu sięga czasów starożytnych, kiedy ziemie dzisiejszego Kirgistanu zamieszkiwane były przez koczownicze plemiona tureckie. W wiekach X–XII istniejącym tu kaganatem władali Karachanidzi. Po podboju mongolskim w XIII w. do XIV w. był samodzielnym organem państwowym. W tym okresie koczujący Kirgizi wymieszali się z miejscową ludnością osiadłą i napływającymi tu Kimakami, dając początek obecnym mieszkańcom Kirgistanu. W drugiej połowie XVIII wieku Kirgistan znalazł się pod zwierzchnictwem Chin, a od lat 30. XIX wieku uzbeckiego Chanatu Kokandzkiego. Niezadowoleni ze swojego położenia władcy plemion kirgiskich oddali się pod opiekę Rosji, która w 1876 r. wcieliła cały Kirgistan w swoje granice. Masowa konfiskata ziemi oddawanej rosyjskim osadnikom i ostra dyskryminacja rasowa Kirgizów spowodowały wybuchy powstań, krwawo tłumionych przez Rosję.
Czasy najdawniejsze Pierwsze ślady ludzi na terenach dzisiejszego Kirgistanu pochodzą z epoki kamienia, a stanowiska archeologiczne z tego okresu odkryto m.in. nad rzeką On-Arcza. W epoce brązu na terenie tym rozwijała się kultura andronowska oraz . Między ósmym a trzecim wiekem przed naszą erą na terenach obecnego Kirgistanu dominowali Sakowie, którzy od ok. 500 r. p.n.e. znajdowali się w strefie wpływów Achemenidów.
Jako terytorium Sogdiany thumb|Zachodni Kirgistan leży na ziemiach dawnej Sogdiany Zachód dzisiejszego Kirgistanu zajęty był przez lud Sogdyjczyków i znajdował się na ich terytorium. Zostali oni włączeni w skład Persji i przez kilkaset lat jako mieszkańcy perskiej satrapii dzieli losy imperium. Nazwa Sogdiana wg językoznawców ma początek w irańskim określeniu doliny w której zbiera się woda. To zrozumiałe gdy weźmiemy pod uwagę, że historycznie Sogdiana była mocno zalesiona i pewnie z dobrymi stosunkami wodnymi dzięki potokom spływającymi z gór. Niewykluczone, że w górach Kirgistanu zachodniego; zwanych Ałaj i Górami Turkiestańskimi, a przez starożytnych zwanych inaczej, znajdowała się główna twierdza Sogdiany. Nazywano ją Skała a została brawurowo zdobyta przez Greków w czasie ich wspólnego z Macedończykami najazdu na Persję. W toku tych zmagań, w Kotlinie fergańskiej doszło do wielkiej bitwy nad Jaksartesem pomiędzy oddziałami macedońsko greckimi a kawalerią Masagetów. W tamtych czasach tadżyckie, kirgiskie góry na wschodnich kresach Sogdiany dawały również dobre oparcie dla Krajowców chcących przez wojnę podjazdową stawiać opór inwazji macedońskiej.
Na wschód od Sogdiany właściwej rozciągała się jej quasi niezależna część „Fergana”, ze względu na otoczenie szańcem gór bardziej rolnicza, niż nastawiona na wojenne rzemiosło, odpierająca najazdy z północy Sogdiana.
Epoka jońska Po podbiciu imperium Achemenidów, wojska Aleksandra Macedońskiego zaatakowały Saków, nie udało im się jednak podbić ich ziem. Część terenu dzisiejszego Kirgistanu weszła w skład Królestwa Greko-Baktryjskiego. W drugim wieku p.n.e. Sakowie zostali wypchnięci z terenów wokół rzeki Syr-darii przez Tocharów, potem zaś oba plemiona sprzymierzyły się i zadały klęskę Królestwu Greko-Baktryjskiemu.
Po zdobyciu regionu przez Macedończyków i Greków ziemie Fergany stały się miejscem silnej migracji i kolonizacji, zasiedlili ją Jonowie (w regionie częściowo osadzeni już przez Achemenidów). W opisywanych okolicach, jak i też na południu (w Baktrii) możemy zaobserwować nasilone zjawisko powstawania greckich miast i wg Klaudiusza Ptolemeusza ważna historycznie Aleksandria nad Oksosem była miastem w Sogdianie.
Miejscowi i osiedleńcy utworzyli nowe państwo, oparte na sile jońskich żołnierzy, zwane z chińska Taiuan – „Wielcy Jonowie”. Taiuan w okresie rozkwitu sięgał daleko na wschód poza góry, aż do ziem indoeuropejskich Phryni. Kraj mimo położenia miał charakter wasalny względem greckich potęg regionu, najpierw wobec Seleucydów, a potem wobec Baktrii.
Pierwszy okres najazdów W drugim wieku p.n.e Sakowie zostali wypchnięci z terenu środkowego Tienszanu przez konfederację Wusun.
thumb|Jeździec w Kirgistanie W późniejszym okresie na ziemiach teraźniejszego Kirgistanu urządzili się Sakowie przybyli znad górnego biegu rzeki Ili, jednak teren znów stał się miejscem przemarszu wojsk pochodzących zza gór.
Wpływy islamu Wpływy te zaczęły się po podporządkowaniu Fergany (jako części Farārud فرارود) przez Arabów, a rozwinęły się za Samanidów. W XII stuleciu Imperium Chorezmijskie objęło swoim zarządem północną część „Kirgistanu”. W wiekach X – XII istniejącym tu kaganatem władali Karachanidzi.
Drugi okres najazdów W późniejszych wiekach ziemie dzisiejszego Kirgistanu zdobyte zostały przez koczownicze plemiona tureckie wywodzące się z górnego dorzecza Jeniseju. Po podboju mongolskim w XIII w. do XIV w. był samodzielnym organem państwowym. W tym okresie koczujący Kirgizi zasymilowali się z miejscową ludnością osiadłą i napływającymi tu Kimakami, dając początek obecnym mieszkańcom Kirgistanu.
Nowożytność Wojny z Chanatem Dżungarskim Gdy zjednoczył plemiona Ojratów i stworzył Chanat Dżungarski (na terenie obecnej Dżungrii), zwrócił swoją uwagę na Azję Środkową. W 1643 roku armia dżungarska zdołała dotrzeć aż do miast Taszkent i Jasy (obecnie Turkiestan). Był to początek długiej i wyczerpującej wojny o region Issyk-kul, środkowy Tienszan i inne ziemie Kirgizów. W konflikcie tym sojusznikami Kirgizów zostali Kazachowie oraz uzbecka i tadżycka ludność Fergany. Szczególne nasilenie napór Dżungarów osiągnął w latach 80. XVII wieku oraz w okresie 1720–1740. Spowodowało to exodus ludności kirgiskiej do Jarkendu, Chotanu, Fergany, a nawet północnego Afganistanu. W latach 40. XVIII wieku udało się zadać Dżungarom wiele klęsk i wyprzeć ich z terenu Azji Środkowej. Wojny Kirgizów z Dżungarami stały się tematem serii eposów, takich jak Manas, Kurmanbek, Janysz i Bajysz, Jangil Mirza oraz Er-Koszoj.
Zależność od Chanatu Kokandzkiego Na początku XVIII wieku południowa część ziem zamieszkanych przez Kirgizów znalazła się pod wpływem Chanatu Kokandzkiego, podczas gdy część północna zachowała niezależność. Początkowo władcy chanatu szukali sojuszu z głowami rodów kirgiskich i nie ograniczali ich suwerenności. Ważnym sojusznikiem władcy Kokandu, , był Kubat-bij, przywódca kirgiskiego rodu z plemienia Kuszczu, nazywany carem Kirgizów. Kubat-bij zachował znaczną niezależność i utrzymywał stosunki dyplomatyczne z Chinami. W latach 60. XVIII wieku powstał drugi związek plemion kirgiskich pod wodzą Khadjiego-bija z plemienia Adygene. W 1762 Khadji-bij został pobity przez Irdanę, który zdobył Özgön i Osz. Do lat 80. XVIII wieku Kokand narzucił swoje zwierzchnictwo niemal całości ziem kirgiskich w Kotlinie Fergańskiej oraz w Ałaju.
thumb|Ruiny mauzoleum Taylaka i Atantaya.
Po opanowaniu południowych ziem kirgiskich, Kokand zwrócił się na północ – w kierunku Doliny Czujskiej, Tienszanu i jeziora Issyk-kul, dokąd wysyłano grabieżcze wyprawy. Intensywne próby podboju pozostałych ziem kirgiskich podjął chan Kokandu . W 1806 Kokand zajął Ura-Tiube, a w 1809 Taszkent. Kirgiskim bohaterem walk z Kokandem był Satyke. W 1825 , wykorzystawszy zatargi między plemionami i , zajął część Doliny Czujskiej i wybudował twierdzę Piszkek.
W 1831 wojska Kokandu dotarły do brzegów Issyk-kul oraz do Tienszanu, gdzie wybudowano liczne forty. W Tienszanie wybuchło powstanie kirgiskie, dowodzone przez braci i Atantaya z plemienia . Powstańcy zostali rozbici, a przywódcy wzięci do niewoli. Chan Madali postanowił ich uwolnić i nadać tytuły dworskie. Ci jednak ich nie przyjęli i wrócili w Tienszan. W 1838 wzięli udział w kolejnym powstaniu, podczas którego Taylak został zamordowany przez kokandzkiego szpiega. Obaj bracia spoczęli we wspólnym mauzoleum w okolicach dzisiejszej miejscowości Dżangi-talap.
Czasy Kirgizów w Kokandzie thumb|Ormon-chan na kirgiskim znaczku pocztowym, 2012
Po zajęciu kirgiskich ziem przez Kokand, elita kirgiska szybko zdobyła wpływy polityczne w chanacie, chanowie chętnie żenili się z Kirgizkami, a niektórzy nawet wychowali się wśród nich, w tym i . W związku z tym druga połowa XIX jest nazywana w historii chanatu czasami Kirgizów. Apogeum wpływów kirgiskich w chanacie był okres 1863–1865, kiedy władzę jako regent sprawował , Kirgiz.
W 1842 chanem został sympatyzujący z Kirgizami i wówczas wiele wpływowych rodów kirgiskich podjęło próby utworzenia własnych państw. z plemienia Sarybagysz zwołał w miejscowości Kotmadda (obecnie Bałykczy) kurułtaj, który proklamował utworzenie . Zgodnie ze zwyczajem, Ormon został uniesiony na białym dywanie i nałożono mu na głowę czerwoną czapkę. Ormon zginął w walce z innymi plemionami kirgiskimi w 1854, a jego osłabione państwo zostało zajęte przez Rosjan w 1867.
Wśród południowych Kirgizów wielkie wpływy zdobył z plemienia Adygene, uważany za władcę Ałaju. Był także wpływową postacią na dworze chana i miał ambicje stworzenia niezależnego państwa kirgiskiego. Dla swoich planów zyskał poparcie cara Aleksandra II. W 1858 brał udział w zamachu stanu, który obalił Chudojara i ustanowił chanem , a jemu dał tytuł wezyra. W 1862 został zamordowany przez swoich przeciwników, a rządy nad Ałajem i tytuł datki przeszły na żonę Alimbeka, Kurmandżan. Jej prawo do władania Ałajem zostało potwierdzone zarówno przez chana Kokandu, jak i przez emira Buchary, a jej pozycja – jako kobiety – była bezprecedensowa w muzułmańskiej historii Azji Środkowej.
W Imperium Rosyjskim W 1785 , wódz północnego plemienia Sarybagysz, zwrócił się do carycy Katarzyny II z prośbą o objęcie jego ziem protektoratem, w obawie przed ekspansją Kokandu, Chin i Kazachów. Pomysł ten opierał się na założeniu, że Rosja była silniejsza od sąsiadów Kirgizów, a jednocześnie była na tyle daleko, że ich protektorat nie niósł groźby zniewolenia. Katarzyna II odrzuciła prośbę, ale życzliwie przyjęła poselstwo kirgiskie. Kirgizi ponownie zwracali się z prośbami o pomoc do Imperium Rosyjskiego w 1814 oraz w 1825.
Pomysł ekspansji na tereny Azji Środkowej pojawiał się w rosyjskiej myśli politycznej już od czasów XVIII wieku, był on jednak początkowo realizowany powoli. Nowa dynamika nadeszła wraz z porażką w wojnie krymskiej i rosnącą obecnością Brytyjczyków w Azji Środkowej. W latach 50. XIX przyczółki rosyjskie dotarły do granic ziem kirgiskich. W 1855 do Omska przybył poseł plemienia , i w imieniu plemienia złożył przysięgę na wierność carowi. Rosjanie rozpoczęli wówczas penetrację ziem kirgiskich, początkowo poprzez ingerencje w konflikty między kirgiskimi plemionami. W 1859 doszło do pierwszych starć z siłami kokandzkimi w przełęczy Kastek, a w 1860 Rosjanie zniszczyli kokandzkie forty Tokmak i Piszkek. Kokand wysłał wówczas 20 tysięczne siły, by zniszczyć rosyjski fort Wiernyj (obecnie Ałmaty), główną rosyjską bazę w regionie. Siły te zostały pokonane przez 2 tys. Rosjan pod wodzą płk. w .
thumb|Bitwa pod Uzun-agacz, obraz Nikołaja Karazina
Po bitwie pod Uzun-agacz na stronę rosyjską przeszły także plemiona Sarybagysz i Solto, a z ich pomocą Rosjanie zdobyli Piszpek i Tokmak. W 1864 wysłali ekspedycję wojskową, która opanowała Czimkent i Taszkent. Do 1867 Rosjanie podporządkowali sobie wszystkie północne plemiona kirgiskie, a w 1868 Chanat Kokandzki stał się rosyjskim protektoratem.