Maciej Grzegorz Miłkowski (ur. 9 maja 1972 w Warszawie) – polski menedżer branży medycznej i urzędnik państwowy, w latach 2016–2018 zastępca prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia, w latach 2018–2023 i w 2024 podsekretarz stanu w Ministerstwie Zdrowia.
Życiorys W 1997 ukończył studia w Szkole Głównej Handlowej, później także studia typu MBA z zarządzania i ekonomiki technologii medycznych w Wyższej Szkole Przedsiębiorczości i Zarządzania im. Leona Koźmińskiego w Warszawie.
Pracował początkowo w Polskim Banku Inwestycyjnym. Następnie w 1998 brał udział w organizacji Mazowieckiej Regionalnej Kasy Chorych i został w niej członkiem zarządu ds. ekonomiczno-administracyjnych oraz dyrektorem finansowym. Od 2002 do 2005 prowadził NZOZ Europejskiej Kliniki Rehabilitacji Victoria, po czym od 2005 do 2007 był pełnomocnikiem dyrektora ds. finansowo-księgowych i wicedyrektorem ds. ekonomicznych w Instytucie Matki i Dziecka. Pomiędzy czerwcem 2007 a styczniem 2016 pozostawał wicedyrektorem ds. ekonomicznych w Instytucie Kardiologii im. Prymasa Tysiąclecia Kardynała Stefana Wyszyńskiego. 15 lutego 2016 objął funkcję zastępcy prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia ds. finansowych, którą pełnił do 2018.