Sezon 2012/2013 był dla Motoru Lublin 25. sezonem na trzecim szczeblu ligowym. W trzydziestu czterech rozegranych spotkaniach, Motor zdobył 35 punktów i zajął 14. miejsce w tabeli grupy wschodniej II ligi.
II liga 23 czerwca 2012 udziałowcami Motoru Lublin SA zostali Jacek Krzynówek i Jacek Bąk. 26 czerwca 2012 zarząd klubu poinformował o pozostaniu na stanowisku trenera Mariusza Sawy. Dzień później piłkarze Motoru wznowili treningi. Z klubu odeszli między innymi Piotr Prędota (do Radomiaka Radom), Marcin Popławski i Ihor Mihałewśkyj. Do drużyny dołączyli Łukasz Matuszczyk (poprz. Pogoń Szczecin), Kacper Horodeński (poprz. Stal Nowa Dęba), Radosław Kursa (przedłużenie wypożyczenia z Wisły Płock, Diego Jota Martins (poprz. PTT Rayong F.C.), Michał Ciarkowski, Paweł Piceluk (poprz. Warta Poznań), Piotr Kucharzewski (poprz. Lewart Lubartów), Artur Węska (poprz. Wisła Annopol) oraz Ivan Jovanović (poprz. NK Primorac 1929).