Fakt, iż osoby wezwane na przesłuchanie nie powróciły do swych domów, wywołał we wsi niepokój. Pewna liczba mężczyzn na wszelki wypadek postanowiła spędzić noc w lesie.
Przebieg pacyfikacji W nocy z 3 na 4 lipca do Brodów przyjechało ponad 20 samochodów z około 400 funkcjonariuszami policji ochronnej i żandarmerii. Większość samochodów nadjechała od strony Skarżyska-Kamiennej, kilka od strony Iłży. Następnie członkowie ekspedycji karnej udali się pieszo przez las w kierunku Boru Kunowskiego. W jednym z zagajników natknęli się na kilkunastu mężczyzn, którzy na noc opuścili swe domy. Od niemieckich kul zginęli trzej bracia Klepaczowie (Jan, Józef, Stanisław), a także Tadeusz Listek, Jan Karwacki i Mieczysław Sajór. Zygmunt Aplaz zmylił Niemców, udając zabitego. Pozostali Polacy zdołali zbiec.
Odgłosy strzałów zaalarmowały mieszkańców. We wsi wybuchła panika; część mężczyzn uciekła do lasu. Wkrótce Niemcy otoczyli Bór szczelnym kordonem. Zbliżając się do zabudowań strzelali do każdego napotkanego człowieka. Wojciecha Sikorę zakatowano na śmierć kolbami karabinowymi. Czterech schwytanych mężczyzn zaprowadzono na skraju lasu i zabito strzałami w tył głowy.