W czerwcu 1903 roku do nowego budynku przewieziono meble i wyposażenie urzędowe z dotychczas zajmowanych przez Starostwo lokali przy Rynku Głównym.
Po odzyskaniu niepodległości, w 1921 roku, gmach stał się siedzibą wojewody krakowskiego. Na pierwszym piętrze mieściły się wówczas pomieszczenia reprezentacyjne oraz służbowe mieszkanie wojewody i wicewojewody.
W 1930 roku nadbudowano trzecie piętro, oddzielone od niższych gzymsem, które ogólną formą nawiązywało do starszych, niższych pięter (m.in. czerwono-ceglaną oraz białą w narożnikach i na środku fasady elewacją), ale pozostawało oszczędniejsze w detalach, co jego styl bardziej by kierowało w kierunku obowiązującego ówcześnie modernizmu. Wpływ na nadbudowę gmachu Urzędu Wojewódzkiego miało również powstanie 5 lat wcześniej w sąsiedztwie gmachu NBP, celem zrównania się z nim wysokością. Nadbudowa sprawiła, że gmach w ogólnych proporcjach stał się cięższy i masywniejszy.
Po zajęciu Krakowa przez wojska niemieckie we wrześniu 1939 roku budynek urzędu wojewódzkiego został zajęty przez oddziały wojskowe.
W 1960 roku dobudowano czwarte skrzydło od ulicy Worcella, zamykając w ten sposób dziedziniec jako wewnętrzny.