W lipcu 2005 Jran-Juste został oskarżony przez haitańskie media o udział w śmierci dziennikarza Jacques’a Roche’a. Ofiara, z zawodu dziennikarz, miała zostać 10 lipca porwana dla okupu oraz torturowana w wyniku czego zmarła 4 dni później. W trakcie pogrzebu Jean-Juste został zaatakowany przez żałobników, a następnie aresztowany jednakże bez przedstawienia jakichkolwiek zarzutów o udział w morderstwie. W chwili porwania dziennikarza Jean-Juste przebywał w Miami, dlatego został uznany za więźnia politycznego, m.in. przez Amnesty International.
Przed aresztowaniem był on uważany za jednego z potencjalnych kandydatów w wyborach prezydenckich w 2006. Organ wyborczy stwierdził jednak, że nie może on zostać zarejestrowany jako kandydat z powodu pozbawienia wolności. Odmowa rejestracji bezpośrednio doprowadziła do ogłoszenia groźby nawoływania do bojkotu wyborów przez partię Lavalas. Jean-Juste ostatecznie poparł innego kandydata, René Prévala, jak się okazało zwycięzcę tych wyborów.
W grudniu 2005 zdiagnozowano u Jeana-Justa białaczkę. Z powodów zdrowotnych został tymczasowo zwolniony z więzienia, na początku 2006 udał się na leczenie do Miami.
W listopadzie 2007 powrócił na Haiti, aby wziąć udział w procesie z wciąż ciążącymi zarzutami.