Wybudowano jeszcze cztery wagony według tego samego projektu. Kilka razy wyznaczano datę rozpoczęcia eksploatacji, jednak terminów nie dotrzymano. W grudniu 1988 wagon testowy nie zatrzymał się na stacji Kemperplatz i jeden z wagonów spadł z estakady, ulegając zniszczeniu. Kolej zaczęła funkcjonować w sierpniu 1989. Początkowo obsługa linii odbywała się z przerwami, przewoźnik nie brał odpowiedzialności za punktualność, a przewozy były bezpłatne. Oficjalnie regularną eksploatację w ramach zintegrowanego transportu miejskiego rozpoczęto w lipcu 1991.
Gdy M-Bahn rozpoczął regularne kursy, rozpoczął się proces ponownego zjednoczenia miasta, nieprzewidziany przez twórców kolei. Stało się konieczne przywrócenie zawieszonych linii metra, co wymagało usunięcia M-Bahn. Zanikła także pierwotna potrzeba istnienia kolei magnetycznej, gdyż obsługiwane przez nią obszary były łatwo dostępne z Potsdammer Platz. Demontaż M-Bahn rozpoczął się dwa miesiące po jej oficjalnym starcie, a zakończony w lutym 1992. Przywrócono połączenie linią U2 między Gleisdreieck a Potsdamer Platz.