Prezbiterium W drugiej połowie XII wieku stare prezbiterium zostało zastąpione przez nowe, wzniesione na planie prostokąta z transeptem. Zostało ono przeznaczone dla sióstr, które gromadziły się w nim przed nabożeństwem. Jednocześnie korpus nawowy stał się miejscem dla wiernych. W średniowieczu kościół pełnił także funkcję kościoła parafialnego. Pod łukiem tęczowym, oddzielającym prezbiterium od korpusu nawowego, znajdowało się w średniowieczu lektorium. Zostało ono usunięte pod koniec XVII wieku i przywrócone podczas renowacji w 1917 roku. Przed płaską ścianą wschodnią z trzema oknami stoi ołtarz główny. Z tyłu ołtarza znajduje się zamykana na drzwiczki szafka, prawdopodobnie zawierająca relikwie. W ścianach po obu stronach ołtarza głównego znajdują się nisze, które służyły jako schowki na naczynia i szaty liturgiczne. Na ścianie północnej znajduje się pomnik nagrobny Anny Eriksdotter Bielke, który został zbudowany w tym samym czasie, co groby królewskie z czasów Jana III Wazy. Widoczne w północnym ramieniu transeptu drzwi, tzw. porta mortuorum (brama umarłych), służyły do wyprowadzania zmarłych sióstr po uroczystościach pogrzebowych na cmentarz. Na północ od północnego ramienia transeptu znajdują się zakrystia (na parterze) i muzeum (na piętrze).