XVIII-wieczne organy zostały zdemontowane i wywiezione w celu ich renowacji przez włoskich ekspertów, po czym ponownie zamontowano je na XVI-wiecznej emporze muzycznej. Podczas renowacji dokonano wielu znaczących odkryć. Należą do nich arcydzieła weneckiej rzeźby drewnianej: polichromowany posąg św. Mikołaja z 1457 roku, pochodzący z pracowni Bartolomea Bona oraz krucyfiks.
XXI wiek W latach 2002–2003, dzięki ustawie specjalnej Salvaguardia di Venezia (Ratowanie Wenecji) kościół ponownie odrestaurowano. W trakcie prac wydobyto na światło dzienne najbardziej charakterystyczne i godne uwagi elementy jego architektury, którym podczas wcześniejszych prac nie poświęcono należytej troski. W rezultacie kościół odzyskał swoją dawną świetność.
Architektura Kościół San Nicolo dei Mendicoli, jeden z najstarszych kościołów w Wenecji, jest rzadkim przykładem architektury wenecko-bizantyńskiej. Z XII-wiecznego budynku kościół zachował plan trzynawowej bazyliki z prezbiterium, półkoliście zamkniętą apsydą o szerokości nawy głównej oraz flankującymi ją kaplicami. Przy pozbawionej ozdób, ceglanej fasadzie znajduje się XV-wieczny portyk, charakterystyczny dla ówczesnej weneckiej architekturze sakralnej.