Historia Tereny, na których zlokalizowany jest Zakład (gmina Chybie) posiadają długą, bo około czterystuletnią tradycję hodowli karpia. Powstał on w 1953 roku na skutek przekształcenia gospodarstw rybackich dawnej Polskiej Akademii Umiejętności w placówkę badawczo-produkcyjną Polskiej Akademii Nauk. Początkowo jednostka stanowiła bazę terenową dla Zakładu Biologii Wód PAN w Krakowie, a prowadzone w niej prace miały charakter opisowy. W miarę tworzenia w Zakładzie bazy naukowej i zespołu badawczego zdolnego do samodzielnego prowadzenia badań zaczęły dominować prace o charakterze eksperymentalnym. Generalnym założeniem było podejście kompleksowe, tak aby wyniki posiadały zarówno walory poznawcze, jak i aplikacyjne.
Na bazie Działu Naukowego Zakładu Doświadczalnego Ichtiobiologii i Gospodarki Stawowej PAN w Gołyszu utworzony został Zakład Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej Gołysz, który uzyskał z dniem 1 lipca 1992 roku status placówki naukowej Polskiej Akademii Nauk. W dniu 31 grudnia 2015 nastąpiła formalna likwidacja i przekazanie Zakładu Doświadczalnego do Zakładu Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej PAN w Gołyszu.