W 2013 roku Araújo pracował w stołecznym CA Progreso w roli trenera drużyny do lat dziewiętnastu. W latach 2014–2015 był natomiast asystentem trenera Leonardo Ramosa w czołowym krajowym klubie Danubio FC i równocześnie prowadził zespół rezerw. Jako współpracownik Ramosa wywalczył z Danubio tytuł mistrza Urugwaju (2014). W lipcu 2016 powrócił do Rampla Juniors (wówczas beniaminka pierwszej ligi) jako asystent szkoleniowca Germána Corengii, lecz już dwa miesiące później zastąpił go na stanowisku, obejmując funkcję trenera tymczasowego. Zajął z nim trzynaste miejsce w tabeli, po czym został szkoleniowcem Rampla już na stałe. W kwietniu 2017 zrezygnował ze stanowiska w konsekwencji słabszych wyników (pięć meczów z rzędu bez zwycięstwa). W 2018 roku pracował jako trener szkolnego zespołu w Colegio y Liceo Santa Teresa de Jesús.