Dorobek naukowy Jest autorem ponad 150 publikacji w języku polskim, a także w języku angielskim, hiszpańskim i włoskim. Uczestnik, referent i przewodniczący sesji na krajowych i międzynarodowych konferencjach naukowych w kraju i zagranicą. Zainteresowania badawcze i dorobek naukowy Marcina Wiszowatego obejmują: prawo parlamentarne (organizację i funkcjonowanie Sejmu i Senatu), w tym proces tworzenia prawa (m.in. lobbing i rzecznictwo interesów, etyka parlamentarna, ocena skutków regulacji, konsultacje publiczne i opiniowanie), porównawcze prawo konstytucyjne współczesnych republik i monarchii mieszanych (konstytucyjnych/parlamentarnych), kwestie funkcji, uprawnień i pozycji ustrojowej prezydenta, instytucje demokracji bezpośredniej, prawo wyborcze (m.in. cisza wyborcza, organizacja wyborów, kampania wyborcza), zagadnienia protokołu dyplomatycznego, regulacja prawna heraldyki i falerystyki, współczesne relikty prawa szlacheckiego. Publikował m.in. w "International Journal of Constitutional Law" (New York - Oxford), "Istituzioni del Federalismo. Rivista di studi giuridici e politici" (Włochy), "Emblemata.