W 1779, podczas wizytacji dziekana Józefa Rogalińskiego, kościół był w złym stanie technicznym i wymagał napraw. Teren parafii obejmował wówczas już tylko Zagórze i miasto Chwaliszewo, łącznie 590 ludzi, w tym część Niemców (protestantów). Zaborcy pruscy odmawiali środków na remont świątyń katolickich, widząc w tym element nacisku germanizacyjnego. Z uwagi na katastrofalny stan kościoła (m.in. prawdopodobne skutki powodzi z 1736) biskup Ignacy Antoni Raczyński podjął w 1805 decyzję o zamknięciu obiektu i kasacie godności kolegiaty (funkcje i prawa parafialne przeniesiono wówczas na katedrę). Ostatecznie rozebrano go w 1817.
W końcu XVIII wieku na terenie parafii istniały kościoły filialne: św. Barbary – Chwaliszewo, nieistniejący, prepozytura, św. Wawrzyńca – Chwaliszewo, nieistniejący, prepozytura, św. Sebastiana – Piotrowo, nieistniejący.
Architektura Kościół był murowany i opisywano go w XVIII wieku jako dość obszerny. Pokryty był dachówką w częściach wyższych i gontem w niższych. Sylwetkę świątyni dominowała masywna wieża zlokalizowana od frontu, kryta gontem. Wisiały w niej trzy dzwony i sygnaturka. Obiekt miał jedno wejście poprzez murowaną kruchtę z drewnianymi drzwiami. Do kościoła przylegały: zakrystia, cztery kaplice (w tym św.