Islam Islam wyznaje blisko połowa populacji. Islam jest szczególnie silny na północy kraju wśród plemion Hausa, Fulan, Kanuri i Nupe. Początki islamu w północnej Nigerii sięgają IX wieku, a do końca XIV wieku islam stał się religią dominującą w północnych regionach. Wprowadzenie szariatu na początku XXI wieku w 12 stanach Nigerii wywołało falę zamieszek, w których zginęło tysiące ludzi. Według raportu z 2010 roku większość muzułmanów stanowią sunnici. Istnieją także mniejszości szyitów, salafitów i Ahmadijja.
Terrorystyczna organizacja Boko Haram, której nazwę tłumaczy się jako „zachodnia edukacja to świętokradztwo” odpowiedzialna jest za liczne zamachy na chrześcijan, masowe morderstwa i śmierć tysięcy osób. Tylko w 2016 roku z rąk organizacji śmierć poniosło 2,7 tys. osób.
Religie plemienne thumb|250px|Modlący się do Obatali w świątyni, w Ife. Po tradycyjnych religiach plemiennych zostały pozostałości głównie w centralnej części Nigerii. Według Joshua Project plemiona które jeszcze w znacznej mierze praktykują religie plemienne to: Gbagyi (38%), Mumuye (44%), Ikwere (60%), Bajju (25%) i Kamwe (49%).