Te pierwsze (1 punkt) to rureczniki i larwy bzygowatych, a te drugie (10 punktów) to Margaritifera, Epeorus, Heptagenia (sensu lato), Rhitrogena i kilkanaście rodzajów widelnic.
Wskaźniki wchodzące w skład MMIF to: liczba stwierdzonych taksonów (TAX) wskaźnik EPT – liczba stwierdzonych taksonów jętek (Ephemeroptera), widelnic (Plecoptera), chruścików (Trichoptera) liczba taksonów wrażliwych (NST) innych niż uwzględnione we wskaźniku EPT wskaźnik Shannona-Wienera (SWD) – wskaźnik różnorodności biologicznej wskaźnik MST – średnia wartość wskaźnika tolerancji stwierdzonych taksonów.
Ostateczny wskaźnik przyjmuje wartości od 0 (stan najbardziej zdegradowany) do 1 (stan referencyjny). W pierwotnej wersji podział na klasy jakości wód przyjęto na zasadzie równego podziału zakresu. Granice klas wyznaczały wartości 0,2, 0,4, 0,6 i 0,8. W wyniku interkalibracji z innymi wskaźnikami stosowanymi w środkowej Europie wartości te zachowano dla cieków płynących przez poldery, podczas gdy dla innych typów cieków i jezior przyjęto granice 0,3, 0,5, 0,7 i 0,9.