Po okresie Hiszpańskiej Furii, Plantin zmuszony był do ograniczenia działalności – w 1577 roku pracowały jedynie trzy maszyny drukarskie.

W 1579 roku Plantin został właścicielem domu z wejściem od Vrijdagmarkt, dużym ogrodem na jego tyłach i powozownią z wejściem od Heilige Geeststraat. Na tyłach ogrodu wzniósł nową drukarnię z 5–6 maszynami drukarskimi. W latach 1579–1580 zbudował kolejne trzy domy a powozownię również przekształcił w dom – nowe domy, które zaczął wynajmować lokatorom, nazwał „Pod srebrnym cyrklem”, „Pod miedzianym cyrklem”, „Pod żelaznym cyrklem” i „Pod drewnianym cyrklem”.

Wobec perspektywy oblężenia Antwerpii przez wojska hiszpańskie, Plantin przeniósł się w 1583 roku do Lejdy, gdzie pracował jako drukarz tamtejszego uniwersytetu. Prowadzenie przedsiębiorstwa w Antwerpii powierzył zięciom Janowi Moretusowi i Francisowi Raphelengiusowi. W 1585 roku, po kapitulacji miasta powrócił do Antwerpii, sprzedając drukarnie w Lejdzie zięciowi Raphelengiusowi. W Antwerpii stał się głównym drukarzem kontrreformacji.