Podczas II wojny światowej, zbiory biblioteki zostały spakowane w skrzynie i przeniesione do zamku w Lavaux-Sainte-Anne w prowincji Namur a później do piwnic Banku Centralnego Belgii w Brukseli. 2 stycznia 1945 roku wszystkie gmachy przy Vrijdagmarkt zostały zniszczone podczas bombardowania pociskami V2, a samo muzeum poniosło wielkie szkody. Gmachy i muzeum zostały odbudowane przez miasto Antwerpię w latach 1947–1951. Ponowne otwarcie kompleksu nastąpiło 28 lipca 1951 roku.
W 1951 roku w muzeum założono Stowarzyszenie Plantina, którego celem jest rozpowszechnianie wiedzy o drukarstwie i publikacjach flamandzkich.
W 1980 roku w miejscu narożnego domu zniszczonego podczas bombardowania wzniesiono nowoczesny gmach z pomieszczeniami biurowymi. W 1993 roku, kiedy Antwerpia była Europejską Stolicą Kultury, w ogrodzie muzeum posadzono rośliny i zioła uprawiane ok. 1600 roku. 4 czerwca 1998 roku otwarto przeszklone audytorium, w którym zlokalizowano m.in. sale wykładowe dla Stowarzyszenie Plantina i pomieszczenia biurowe. W latach 2000–2002 odrestaurowano fasady historycznego dziedzińca.