Parpola badał między innymi religie Indii (hinduizm i jego święte księgi Wedy). W roku 1994 napisał monografię Deciphering the Indus script traktującą o starożytnej kulturze Indusu i jej systemu pisma, który usiłował rozszyfrować. W dziele tym zgromadził całą istniejącą wiedzę na temat tego systemu pisma, na podstawie niemal 4000 znanych tekstów, i doszedł do wniosku, że prawdopodobnie jego całkowite odszyfrowanie jest niemożliwe, ponieważ zachowane teksty są zbyt krótkie. Postawił również hipotezę, że język doliny Indusu należał do języków drawidyjskich. Do jego badań zainspirowała go praca Johna Chadwicka, który odszyfrował był pismo linearne B. W badaniach języka doliny Indusu Parpola współpracował między innymi ze swoim bratem, asyrologiem Simo Parpolą, oraz z lingwistą komputerowym Kimmo Koskenniemi. Sam Chadwick zarekomendował dzieło Deciphering the Indus Script do wydania przez Cambridge University Press.
W kręgu jego zainteresowań znajduje się również prehistoryczna archeologia Azji Południowej oraz języki Indii, jak sanskryt, malajalam, tamilski.