Wnętrze Wnętrze tworzy jedna eliptyczna nawa z transeptem i kaplicami bocznymi, zamknięta głęboką apsydą. Późnobarokowy plan architektoniczny De Rossiego został tu zintegrowany z późniejszymi, bogatymi dekoracjami rokokowymi. Światło, wpadające do wnętrza przez okna kopuły i nawy, uwydatnia polichromie i obfite złocenia, tworząc zarazem grę światła i cienia. Wzdłuż ścian nawy, w sześciu niszach ustawiono sześć posągów, wyobrażających cnoty dobrej spowiedzi: Humilis, Secreta, Simplex, Verecunda, Fidelis i Lacrymabilis.
Ołtarz główny mały|240px|Ołtarz główny W ołtarzu głównym znajduje się obraz Św. Maria Magdalena w modlitwie, a nad nim dekoracja rzeźbiarska Krzyż kamiliański niesiony w chwale przez aniołów. Obraz, namalowany przez Michele Roccę w 1698 roku, przedstawia na pierwszym planie klęczącą św. Marię Magdalenę, wpatrującą się razem z aniołami w krzyż. Grupa skrzydlatych putt w tle tworzy złudzenie głębi przestrzennej. Powyżej obrazu widnieje dekoracja rzeźbiarska dłuta Pietra Pacilli, przedstawiająca grupę aniołów lecących z krzyżem. Na dwóch ścianach bocznych apsydy widnieją dwie marmurowe płaskorzeźby: Maryje przy grobie (po lewej) i Noli me tangere (po prawej stronie). Są one dziełem Francesco Gesuellego, a umieszczone zostały w 1757 roku.