gniazdują jednak niżej.
Głos kowalika malutkiego to miękkie tip lub pit. Głos kowalika bahamskiego, odmienny niż u kowalików malutkich, opisywany jest jako krótki szczebiot podobny do jaskółczego.
Lęgi thumb|Kowalik malutki wyglądający z budki Okres lęgowy trwa od początku marca do maja, niekiedy na Florydzie już od lutego, a w Georgii wyjątkowo do końca czerwca. Zazwyczaj kowaliki malutkie wyprowadzają jeden lęg. Wykuwają dziuplę w martwym drewnie, co zajmuje im 1–6 tygodni; preferują sosny, jednak mogą założyć gniazdo i w słupie. Rzadko korzystają ze starych dziupli dzięciołów. Przygotowaniem dziupli zajmuje się samiec, przed wybraniem najlepszego miejsca może zaczynać kilka razy. Umiejscowiona jest 0,15–28 m nad ziemią, rzadko jednak wyżej niż 3,5 m nad podłożem. Na budulec gniazda składają się skrzydełka nasion sosen, kawałki kory, źdźbła traw i włókna roślinne. Wyściełane jest bawełną, pierzem, wełną i skrzydełkami nasion. Zniesienie liczy zazwyczaj od 4 do 6 jaj (ogółem od 3 do 7, bardzo rzadko do 9). Skorupka jest biała lub kremowa, bardzo intensywnie nakrapiana czerwonobrązowymi plamami. Średnie wymiary: 15,3 na 12,1 mm. Inkubacja trwa blisko 14 dni. Samica zajmuje się młodymi w gnieździe, jednak pokarm dostarczany jest przez obydwa ptaki z pary. Po 18–19 dniach życia młode stają się w pełni opierzone.