Organizacja Kościół posiada około 24 180 wiernych, będących członkami 125 gmin kościelnych (zborów). Parafie podzielone są między pięć okręgów kościelnych z siedzibami w Ballenstedt, Bernburg (Saale), Dessau-Roßlau, Köthen (Anhalt) i Zerbst/AnhaltEvangelische Landeskirche Anhalts - Leitung - Struktur - Karte.
W zborach kościoła pracuje 55 duchownych oraz 40 świeckich pracowników pełnoetatowych, jak pedagodzy kościelni, osoby pracujące z młodzieżą oraz muzycy kościelni.
Najwyższą władzą kościoła krajowego jest Synod Krajowy (Landessynode), składający się z 33 delegatów wybieranych przez okręgi kościelne oraz sześciu mianowanych przez Synod. Jedną trzecią z członków Synodu stanowią duchowni. Obrady odbywają się dwa razy do roku, pomiędzy nimi trwają prace poszczególnych komisji.
Pozostałe organy wyższej władzy stanowią Rada Kościoła Krajowego (Landeskirchenrat), na której czele stoi prezydent kościoła oraz kierownictwo kościoła.
Nadzór nad służbami w poszczególnych okręgach kościelnych sprawują duchowni zatrudnieni przez parafie na ośmioletnie kadencje.