W 1846 doszło do rzezi galicyjskiej, masowych wystąpień chłopów przeciw szlachcie oraz urzędnikom dworskim i rządowym, a niekiedy i księżom. Bochnianie brali też udział w powstaniach listopadowym i styczniowym. mały|Bochnia około 1906 r. Po okresie klęsk miasto powoli się odradzało. W 1817 powstało Gimnazjum Bocheńskie założone przez ks. Piusa Riegera. W latach 1822–1826 Bochnia była siedzibą biskupstwa tynieckiego. Działało także seminarium duchowne. Jednak prawdziwe odrodzenie miasta miało miejsce u schyłku XIX w., gdy do Bochni sprowadzali się osadnicy, oraz gdy do miasta włączono obszary podmiejskie oraz kilka okolicznych wsi. Jednym z najważniejszych wydarzeń sprzyjających rozwojowi miasta było wybudowanie w 1856 linii kolejowej łączącej Kraków z Dębicą, a w późniejszym okresie także z Rzeszowem, Przemyślem i Lwowem. W 1886 założono w Bochni pierwszą bibliotekę publiczną.
Według austriackiego spisu ludności z 1900 w 1090 budynkach w Bochni na obszarze 1104 hektarów mieszkało osób, z czego 8018 (79,6%) było katolikami, 1926 (19,1%) wyznawcami judaizmu, 62 (0,6%) grekokatolikami, a 65 (0,6%) innej religii lub wyznania, 9819 (97,5%) było polsko-, 159 (1,6%) niemiecko-, 18 (0,2%) rusko-, a 23 (0,2%) innojęzycznymi.