Podczas kampanii wrześniowej zajmował stanowisko szefa duszpasterstwa rezerwowej 44 Dywizji Piechoty, a podczas obrony Warszawy – szefa służby duszpasterstwa w dowództwie odcinka Warszawa-Praga.
Uniknął niewoli, pod pseudonimem „Świrad” działał w konspiracji. W latach 1940–1944 pełnił funkcję kapelana Wojskowego Szpitala Ujazdowskiego i zastępcy naczelnego kapelana Armii Krajowej (posiadał przydział do Komendy Głównej Armii KrajowejPrzydzielony był do Oddziału I (Organizacyjnego) – Służby Duszpasterstwa.). 4 sierpnia 1944 r. został przez Niemców ewakuowany wraz z całym szpitalem. Podczas powstania warszawskiego został schwytany przez Niemców i skazany na karę śmierci, której szczęśliwie uniknął. Po upadku Sadyby wraz z ludnością cywilną wyszedł z Warszawy. Został ewakuowany wraz ze szpitalem do Krakowa, gdzie pełnił posługę kapelana w szpitalu przy ul. Kopernika. Potem osiadł w Kłodzku, gdzie został dziekanem tamtejszej katedry.
Ksiądz podpułkownik Franciszek Juszczyk zmarł w dniu 8 listopada 1950 r. w Kłodzku. Pochowany został na cmentarzu w rodzinnej Żegocinie. Znany był również jako wspaniały kaznodzieja i literat.
Awanse