Decyzję o zakończeniu kariery ogłosił w sierpniu 1998.
Reprezentacja LaFontaine zadebiutował w reprezentacji Stanów Zjednoczonych podczas turnieju olimpijskiego w Sarajewie, jeszcze przed przejściem na zawodowstwo (profesjonalni hokeiści nie mogli brać udziału w turnieju hokeja na lodzie aż do igrzysk w 1988 w Calgary). Amerykanie zajęli na turnieju 7. miejsce.
W pierwszym spotkaniu Canada Cup w 1987 przeciwko Finlandii LaFontaine zdobył dwie bramki, prowadząc swój zespół do wygranej 4:1. W drugim spotkaniu Amerykanie zwyciężyli Szwedów, jednak kolejne 3 spotkania – z Kanadą, Związkiem Radzieckim i Czechosłowacją – zakończyły się porażkami i Stany Zjednoczone odpadły z turnieju.
Na mistrzostwach świata w 1989 LaFontaine wystąpił we wszystkich spotkaniach, w tym siedmiu w pierwszej rundzie oraz trzech w walce o utrzymanie w grupie mistrzowskiej. Amerykanie zajęli 6. miejsce, utrzymując się w grupie mistrzowskiej na kolejny turniej.
W turnieju Canada Cup w 1991 Amerykanie z Patem LaFontaine w składzie dotarli do finału, który przegrali w dwóch meczach z Kanadyjczykami. W 1996 Amerykanie wygrali inauguracyjną edycję Pucharu Świata, rewanżując się Kanadyjczykom za porażkę z 1991.