W 2008 roku wykupił większościowe udziały w czołowym czeskim wydawnictwie Economia i został jego prezesem. W latach 2005–2010 był członkiem Rady Nadzorczej praskiej Giełdy Papierów Wartościowych. W 2010 roku poślubił w tajemnicy Michaelę Maláčovą, byłą czeską modelkę oraz Miss Czechosłowacji 1991. W tym samym roku został właścicielem belgijskiej drużyny kolarskiej Omega Pharma Quickstep.
Poza działalnością biznesową, Zdeněk Bakala znany jest również ze swojej działalności filantropijnej. W lipcu 2007 roku w celu realizowania działalności dobroczynnej utworzył Zdenek Bakala Foundation, przekształcone w 2014 roku, w wyniku zaangażowania w działalność fundacji także Michaeli Bakala na Bakala Foundation. Najważniejszą częścią działalności fundacji jest program SCHOLARSHIP, założony w 2010 roku. Celem programu jest wsparcie finansowe utalentowanych czeskich uczniów oraz umożliwienie im podjęcia studiów na prestiżowych zagranicznych uczelniach. Bakala na działalność swojej fundacji przeznacza rocznie ponad 10 milionów koron.