Jest członkiem prestiżowych międzynarodowych organizacji i stowarzyszeń naukowych: The Harward University Fellow, The Association for Comparative Economics Studies (USA); International Economics Association (UK), University Council for Economics Management and Education Transfer (Sweden) w latach 1992–1996. Profesor Lis jest członkiem Komisji Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk – Oddział w Krakowie. W latach 1995–2000 był członkiem Sekcji Ekonomii Komitetu Badań Naukowych w Warszawie. Działa także w Fundacji Konrada Adenauera, w Polskim Stowarzyszeniu Badań Wspólnoty Europejskiej (PESCA), w Radzie Naukowej „Nova Ekonomika” Uniwersytetu Ekonomicznego w Bratysławiehttp://kpeipr.uek.krakow.pl/pdf/prof.Lis-biogram.pdf. Działał aktywnie w Polskim Towarzystwie Ekonomicznym (PTE), pełniąc funkcję członka Prezydium Zarządu Głównego i prezesa Zarządu Oddziału PTE w Krakowie w latach 1992–2000.
Współpraca z zagranicznymi ośrodkami naukowymi Ważną sferą aktywności naukowej profesora Stanisława Lisa stanowiła współpraca z prestiżowymi ośrodkami naukowymi. Dwukrotnie, tj. w roku 1985 i 1990, odbył staże naukowe jako visiting scholar na Uniwersytecie Harvarda.