Usunięto z dokumentów państwowych rubryki mówiące o wyznaniu, zniesiono religijną przysięgę urzędników i sędziów zastępując ją formułą świecką. W drodze administracyjnych zarządzeń, ale przy szerokiej pracy wyjaśniającej, starano się wyeliminować ciążące na całym życiu społecznym i kulturalnym piętno wyznaniowe. Wszystkie te reformy – wprowadzone w okresie Wiosny Ludów w wielu krajach na zachodzie – zostały uznane przez Kościół katolicki w Polsce za zamach na „święte i odwieczne jego prawa”, za atak na religię. Kampania prasowa rozwinięta na łamach czasopism katolickich wokół tych reform zawierała tylko protesty i słowa oburzenia, bez żadnych konstruktywnych propozycji ułożenia stosunków między wierzącymi i niewierzącymi w państwie.
Dalsze lata były kontynuacją zapoczątkowanej Manifestem PKWN polityki. Przyniosły one w 1949 roku zmianę niektórych przepisów kodeksu postępowania karnego i cywilnego (wprowadzenie świeckiej roty przysięgi w sądownictwie) oraz dekret o ochronie wolności sumienia i wyznania. Z ważniejszych aktów prawnych, wydanych w latach późniejszych, wymienić także warto ustawę Ministra Gospodarki Komunalnej z 31 stycznia 1959 roku o cmentarzach i grzebaniu zmarłych oraz ustawę z 15 lipca 1961 roku o rozwoju systemu szkoły i wychowaniuUstawa z dnia 15 lipca 1961 r.