Lata 90. XX wieku otworzyło wydanie monografii obozu „Majdanek 1941–1944”. Od kilkunastu lat badania naukowe pracowników Muzeum koncentrują się już nie tylko na historii KL Lublin, ale także praktyce muzealnej, zwłaszcza edukacji w miejscach pamięci. W kręgu zainteresowania historyków znalazła się również tematyka zagłady Żydów w Generalnym Gubernatorstwie, tym bardziej że Muzeum na Majdanku sprawuje opiekę nad obszarami byłych obozów zagłady w Bełżcu (od 2004) i Sobiborze (od 2012). Podobnej tematyce, a także prezentacji zbiorów muzealnych, podporządkowane były wystawy zorganizowane w ciągu ostatnich lat, wśród których na szczególne wymienienie zasługuje najnowsza ekspozycja historyczna „Więźniowie Majdanka”.
W nocy z 9 na 10 sierpnia 2010 na terenie muzeum wybuchł pożar, w wyniku którego spłonął jeden z baraków. Według dyrekcji muzeum, spaleniu uległo ponad siedem tysięcy par butów byłych więźniów, które były tam zgromadzone.
6 sierpnia 2024 Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego jako organizator muzeum ogłosiło zamiar rozpisania konkursu na stanowisko jego dyrektora.
Dyrektorzy (1944 – ?) Edward Balawejder (1991–2007) Tomasz Kranz (od 2007)