W latach 1900–1903 pojawiły się dodatkowe problemy przy drukowaniu i wydawaniu dzieła. Początkowo Gloger sam nie zamierzał zostać wydawcą i poszukiwał nakładcy, ale nikt nie chciał się podjąć wydania jego encyklopedii. W ocenie autora księgarze bali się brać na siebie koszty tak dużego projektu wydawniczego, gdyż w razie niepowodzenia ponieśliby duże straty. Nie powiodły się też próby utworzenia komitetu redakcyjnego, który zdjąłby z jego barków część pracy. Z biegiem czasu przedsięwzięcie doczekało się grupy współpracowników, ale to Zygmunt Gloger musiał doprowadzić projekt do końca i wykonać większość związanych z nim zadań. Ogrom pracy spowodował, że autor był przepracowany i przez 4 lata druku nie miał nawet ani tygodnia wytchnienia i wyjazdu na wieś w porze letniej.
Duże problemy pojawiły się przy finansowaniu projektu. Dzieło było początkowo wydawane ze środków finansowych autora. Na stronie tytułowej drugiego tomu znajduje się adnotacja, że wydany został on: z udziałem zapomogi Kasy pomocy dla osób, pracujących na polu naukowem, imienia d-ra J. Mianowskiego, czyli z dotacją pieniężną Kasy im. Józefa Mianowskiego.