W tym okresie Valenciennes było znane z twardej gry i kształcenia solidnych obrońców, takich jak Yunis Abdelhamid czy Milan Bisevac. Przez trzy sezony Niakhaté stał się fundamentem północnofrancuskiego zespołu w Ligue 2. Łącznie w Valenciennes rozegrał 76 spotkań ligowych i zdobył jedną bramkę.
FC Metz 22 czerwca 2017 roku przeszedł do pierwszoligowego FC Metz, podpisując czteroletni kontrakt. Jego forma w Valenciennes zwróciła uwagę klubu z Lotaryngii. Mierząc 190 cm wzrostu, wyróżnił się swoimi występami, grając w 38 z 43 meczów zespołu.
W klubie szybko wywalczył miejsce w podstawowym składzie, stając się niepodważalnym członkiem pierwszej jedenastki i kluczową postacią formacji defensywnej. W sezonie 2017/18 rozegrał 35 spotkań ligowych i zanotował asystę w meczu z Montpellier HSC w grudniu 2017 roku. Jego solidne występy obejmowały m.in. zdyscyplinowany pokaz w bezbramkowym remisie z Toulouse 18 listopada 2017 roku, gdzie jego interwencje i ustawienie były kluczowe dla zatrzymania ataków rywali.
Występując w Metz, został wielokrotnie powoływany do reprezentacji Francji U-21 przez selekcjonera Sylvaina Ripolla. Jego umiejętności zwróciły uwagę klubów europejskich, co doprowadziło do transferu do Bundesligi pod koniec sezonu.