W maju 2007 Hoyos został trenerem drużyny PAE Atromitos, podpisując z ateńskim klubem trzyletnią umowę. Prowadził go z przeciętnymi wynikami przez kolejne dziesięć miesięcy – został zwolniony w marcu 2008 po trzech porażkach z rzędu. Pod kierownictwem jego następcy Dragana Kokotovicia zespół Atromitosu spadł na koniec sezonu 2007/2008 do drugiej ligi greckiej. W lipcu 2008 związał się rocznym kontraktem z drugoligowym PAS Giannina, przejętym w tamtym czasie przez przedsiębiorcę Giorgosa Christovasilisa. W sezonie 2008/2009 z drugiego miejsca wywalczył z Gianniną awans na najwyższy szczebel ligowy. Odszedł jednak z klubu na trzy kolejki przed końcem rozgrywek, nie potrafiąc porozumieć się z zarządem w kwestii nowej umowy. W lipcu 2009 objął spadkowicza z pierwszej ligi greckiej – zespół MGS Panserraikos. Przed bardzo młodą wówczas kadrowo drużyną postawiono cel powrotu do najwyższej klasy rozgrywkowej. Mimo udanego rozpoczęcia rozgrywek drugoligowych podopieczni Hoyosa w połowie sezonu wpadli w kryzys formy (tylko jedno zwycięstwo w jedenastu meczach), co poskutkowało zwolnieniem szkoleniowca w lutym 2010.