Zreformowana reguła uzyskała akceptację kurii rzymskiej w 1605, a w 1606 została oficjalne zatwierdzenie przez biskupa chełmińskiego Wawrzyńca Gembickiego. Klasztory połączone wspólną regułą utworzyły kongregację pod przewodnictwem ksieni chełmińskiej. Niezależność od niej zachowało tylko opactwo w Staniątkach i jego istniejąca przejściowo fundacja w Krakowie. Rozwój nowych fundacji został zahamowany przez epidemię oraz wojnę ze Szwecją z lat 1626–1629.
W wyniku zaborów klasztory Kongregacji nalazły się w kilku państwach, co znacząco utrudniało współpracę między klasztorami i faktycznie pozbawiły opactwo w Chełmnie jakiejkolwiek kontroli nad nimi. Większość z nich została stopniowo skasowana na skutek antypolskiej i antykościelnej polityki zaborców. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, sześć klasztorów, które przetrwało, utworzyło w 1933 nową, istniejącą do dziś Kongregację Niepokalanego Poczęcia, co ostatecznie położyło kres historii Kongregacji chełmińskiej.