W październiku 2011 Antúnez powrócił do zespołu Liverpool FC. Od razu poprawił wyniki drużyny, która pod jego wodzą w wiosennej fazie Clausura okazała się czarnym koniem rozgrywek – zanotowała jedenaście zwycięstw w piętnastu meczach, do samego końca walcząc o tytuł mistrzowski i ostatecznie zajęła trzecie miejsce w tabeli. Dzięki temu jego podopieczni zakwalifikowali się do międzynarodowych rozgrywek Copa Sudamericana 2012. Bezpośrednio po świetnym sezonie Antúnez przedłużył umowę z Liverpoolem. W rozgrywkach Copa Sudamericana dotarł z ekipą do 1/8 finału, zaś w listopadzie 2012 został niespodziewanie zwolniony ze stanowiska. Media spekulowały, iż przyczynami odejścia szkoleniowca była nierówna gra drużyny oraz pogorszenie relacji z zawodnikami i zarządem klubu. We wrześniu 2013 po raz trzeci objął gwatemalskiego drugoligowca Cobán Imperial, lecz nie udało mu się doprowadzić go na najwyższy szczebel rozgrywkowy.