W 1859 r. wypowiedział posłuszeństwo konserwatywnemu gubernatorowi Juanowi Antonio Calvo i przejął władzę w regionie, a rada prowincji proklamowała go generałem i prezydentem. W czasie wojny domowej, 3 lipca 1860 r., w porozumieniu z gen. Tomásem Cipriano de Mosquerą, proklamował secesję departamentu Bolívar od Konfederacji Granady. 21 listopada wyruszył do departamentu Magdalena, gdzie pokonał gen. Julio Arboledę. Prezydentem Suwerennego Państwa Boliwariańskiego był do 1865 roku.
25 stycznia 1861 r. został proklamowany prezydentem Konfederacji Granady i był nim do 18 lipca, gdy przekazał władzę Mosquerze. Nieto był prezydentem jako pierwsza osoba pochodzenia afrykańskiego w historii tego kraju. Ponownie został wybrany prezydentem stanu na czteroletnią kadencję, którą rozpoczął 12 stycznia 1862 roku. W tym samym roku wprowadził kodeks cywilny, a w następnym doprowadził do przyjęcia kolejnej stanowej konstytucji.
W listopadzie 1863 r. wybuchła przeciw niemu w Cartagenie, Barranquilli, Momil, San Antero, Purisima i Usiacurí rewolta mosqueristy Antonio Gonzáleza Carazo, która jednak została stłumiona przez Manuela Cordobésa. Dwa dni przed nadzwyczajną sesją zgromadzenia stanowego Nieto podał się do dymisji.
Prowadził korespondencję z gen.