Takie całkowite reprogramowanie może być zainicjowane podczas transferu jądrowego.
Technika transferu jądrowego jest kosztowna, pracochłonna i wymaga doświadczenia w mikromanipulacji. Jednocześnie jest mało wydajna – typowo około 20% sklonowanych embrionów daje użyteczne linie zarodkowych komórek macierzystych i tylko 1–5% sklonowanych embrionów wszczepionych matkom zastępczym rozwija się, dając żywotne i zdrowe potomstwo. W analizie przyczyn niskiej wydajności trudne do rozdzielenia są powody biologiczne i techniczne. Jedną z najważniejszych jest niekompletne lub nieprawidłowe reprogramowanie, co wiąże się z nieprawidłową ekspresją genów, zaburzeniami rozwojowymi na etapie przed implantacją, po implantacji, a nawet po urodzeniu.
Etapy Transfer jądrowy jest to skomplikowana, wieloetapowa technika składająca się z dojrzewania oocytów pod wpływem hormonów, pozbawiania ich jądra, przeniesienia do nich jądra komórkowego, aktywacji i kultury zarodków. Najczęściej stosowaną metodą usuwania jądra z komórki jest użycie mikromanipulatorów. Jedną pipetką komórka jest przytrzymywana, a druga jest wprowadzana do komórki i pobiera chromatynę. Komórki dawcy są hodowane i doprowadzane do odpowiedniej fazy cyklu komórkowego. Wprowadzenie jądra do komórki biorcy odbywa się poprzez mikroiniekcję lub fuzję membran.