Okres Zakonu św. Jana Aktywność morska Zakonu św. Jana w latach 1530-1798 jest mocno związana z Maltą. Okres ten jest reprezentowany przez szereg przedmiotów. Wystawiana jest niewielka, ale ważna kolekcja autentycznych modeli z epoki. Niektóre z nich, oryginalnie należące do „Congregazzione delle Galere” oraz szkoły morskiej Zakonu, przedstawiają główne elementy zakonnej floty.
thumb|left|Model okrętu III rangi floty Zakonu Joannitów Główne okręty bojowe Zakonu św. Jana na początku XVIII wieku reprezentuje na wystawie mezza-galera z końca XVIII w. oraz pełny model galery. Dwa duże modele okrętu III rangi (64–74 działa) z XVIII wieku, niegdyś należące do szkoły morskiej Zakonu, dokumentują eskadrę okrętów liniowych, wprowadzoną w 1702 roku przez Wielkiego Mistrza Ramona Perellosa y Roccaful (1697–1720) w celu zwiększenia eskadry galer.
Kilka obrazów olejnych, akwarel i rycin z okresu od XVI do XVIII wieku ilustruje morskie bitwy, kampanie i inne ważne wydarzenia Zakonu. Jednym z najwspanialszych obrazów jest widok na marinę Valletty, który jest pełen detali dotyczących aspektów maltańskiego handlu morskiego, widzianych przez anonimowego malarza z połowy XVIII wieku.