W wieku 12 lat próbował popełnić samobójstwo, wyskakując z budynku szkolnego przez okno, lecz próba ta nie powiodła się. Skutkiem było poruszanie się na wózku inwalidzkim przez 7 miesięcy.
Powróciwszy do zdrowia po próbie samobójczej, czując się źle z powodu zaniepokojenia swojej rodziny, Navabi stał się jeszcze bardziej zagorzałym muzułmaninem. Nigdy nie opuszczał modlitwy, starał się nie patrzeć na kobiety, aby nie ulec pokusie, pilnie studiował islam. Jednak im więcej dowiadywał się, tym większe miał wątpliwości, ponieważ religia wydawała się nie mieć dla niego żadnego sensu, z powodu niesłychanie wysokich wymagań w życiu codziennym muzułmanów oraz zapowiedzi kary dla wszystkich nie-muzułmanów w postaci wiecznych tortur. Studiowanie innych religii jeszcze bardziej wzbudzało jego sceptycyzm. Poprosiwszy Boga, aby się objawił i udowodnił, że istnieje, Navabi nie otrzymał odpowiedzi. Wtedy stracił wiarę i ostatecznie doszedł do wniosku, że Bóg jest wytworem ludzkiej wyobraźni.