W wyniku nalotów alianckich w 1944 roku poważnie zniszczone zostały budynki gospodarcze i pawilony wystawowe, w tym palmiarnia. Zniszczenia wojenne spowodowały potrzebę kontynuowania uprawy warzyw w pierwszych latach po wojnie, jednocześnie jednak przystąpiono do odtwarzania hodowli roślin ozdobnych, a pod koniec lat 40 rozpoczęto odbudowę ogrodu. 8 lipca 1950 roku ogród botaniczny został ponownie otwarty dla zwiedzających. W kolejnych latach obiekt powiększano o kolejne tereny, tak że w połowie lat 70. liczył już 5 ha. 16 grudnia 1981 roku rada miejska postanowiła zorganizować Krajową Wystawę Ogrodniczą w ramach obchodów 2000-lecia miasta przypadającego w roku 1985. Przy tej okazji ogród botaniczny został przeprojektowany i powiększony do około 10 ha. W 1984 roku podjęto decyzję o stworzeniu na jego terenie ogrodu japońskiego, będącego prezentem od miast partnerskich Amagasaki i Nagahama z okazji 25-lecia współpracy. 19 kwietnia 1985 roku dokonano uroczystego otwarcia Krajowej wystawy ogrodniczej Augsburg 1985, obejmującej ogród botaniczny i Park Siebentisch, utworzony na potrzeby wystawy z części lasu miejskiego. Wystawa trwała do 6 października i w ciągu 171 dni została odwiedzona przez ponad milion gości. Większość założeń ogrodowych stworzonych na potrzeby wystawy została zachowana i była dalej rozwijana.