Z zewnątrz wyróżniała ją charakterystyczna owiewka, umieszczona za typowym dla 747 garbem górnego pokładu. W owiewce znajdowała się antena systemu komunikacji satelitarnej MILSTAR (SHF SATCOM), operującej w zakresie fal centymetrowych. Różnice pomiędzy pierwszymi trzema egzemplarzami a czwartym były na tyle duże, że otrzymał on oznaczenie E-4B. Został on oficjalnie przejęty przez US Air Force 21 grudnia 1979 roku. W celu ujednolicenia zdolności operacyjnych, wszystkie wersje E-4A zostały do stycznia 1985 roku zmodernizowane do standardu E-4B.
Wyposażenie thumb|left|Boeing E-4 w konfiguracji z 1976 roku Samolot wyposażony jest w wiele systemów łączności pracujących na falach o częstotliwości od 14 kHZ do 8,4 GHz, których obecność wskazuje, widocznych z zewnątrz, 60 anten. Wśród nich są dwie UHF SATCOM, dwie UHF Command, pięć UHF GEP, dwie VHF „Special User” oraz sześć HF. Samolot wyposażony jest w dwie anteny kablowe do łączności na falach na niskiej i bardzo niskiej częstotliwości. Wysuwane są w locie z tylnej części kadłuba i końcówki ogona. Na końcówkach skrzydeł i czubku statecznika pionowego z kolei zainstalowane są anteny do transmisji na falach krótkich.