Kaplica w transepcie Kaplica Cornerów (dedykowana Najświętszej Maryi Pannie i Świętemu Mikołajowi z Tolentino) zawdzięcza swoje powstanie patronatowi wpływowego rodu Cornerów. Przed kaplicą znajduje się grobowiec doży Paolo Reniera z herbem rodu. Ołtarz został wyrzeźbiony w 1609 przez Z. Tadio w czasie, gdy Giovanni Corner został wybrany (a w 1625 roku dożą). Obraz ołtarzowy Maryja Dziewica z Dzieciątkiem w chwale ze świętymi: Janem Chrzcicielem, Mikołajem z Tolentino, Klarą, Franciszkiem i Teodorem namalował w 1628 roku Palma Młodszy. Na ścianie kaplicy znajduje się cenotaf Cornerów, zrealizowany w 1720 roku na zamówienie Giovanniego II Cornera. Wśród sześciu popiersi umieszczonych powyżej są reprezentowani: dożowie Giovanni I Corner i Francesco Corner oraz trzej kardynałowie z tego rodu (w tym biskup Federico Corner). Wśród obrazów zdobiących ściany kaplicy znajdują się: Archanioł Gabriel z Tobiaszem Sante Perandy oraz Św. Magnus i niebiańska architektura i Ekstaza św. Franciszka (oba pędzla G. Forabosco).