IOC wyróżnia 5 podgatunków. Dawniej do P. punctatus włączano jako podgatunek również kępaczka białogardłego (†P. rufescens) z Wysp Chatham, wymarłego pod koniec XIX wieku. Na liście ptaków świata opracowywanej przy współpracy BirdLife International z autorami Handbook of the Birds of the World za osobny gatunek uznawany jest kępaczek ciemnouchy (P. (p.) caudatus) (to ujęcie systematyczne stosuje IUCN w swej czerwonej księdze), jednak inni autorzy traktują go jako podgatunek P. punctatus.
Podgatunki i zasięg występowania Serwis Birds of the World i IOC wyróżniają następujące podgatunki: P. p. vealeae (R. Kemp, 1912) – Wyspa Północna P. p. punctatus (Quoy & Gaimard, 1832) – kępaczek plamisty – Wyspa Południowa P. p. stewartianus (Oliver, 1930) – Wyspa Stewart P. p. wilsoni (Stead, 1936) – Wyspa Codfish (przy północno-zachodniej części wyspy Stewart) P. p. caudatus (Buller, 1894) – kępaczek ciemnouchy – Wyspy Snares