Celem Instytutu jest badanie i popularyzacja wiedzy o historii zesłań i deportacji obywateli polskich w głąb Rosji i Związku Sowieckiego oraz prowadzenie otwartej dyskusji i dialogu między narodami wschodniej Europy.
Muzeum Pamięci Sybiru prowadzi działalność wydawniczą. Wydaje dwujęzyczny (polsko-angielski) bogato ilustrowany cykl popularnonaukowyKatarzyna Śliwowska, Polski Dom Dziecka w Bolszoj Jerbie. The Polish Orphanage in Bolshaya Yerba, Muzeum Pamięci Sybiru, Białystok 2020. oraz serię „Sybir” przekrojowo prezentującą dzieje polskich Kresów WschodnichWojciech Śleszyński, Życie na Kresach. Województwa wschodnie II Rzeczypospolitej (1919-1939), Muzeum Pamięci Sybiru 2020, . i Sybiru. Wśród publikacji szczególnie miejsce zajmują wspomnienia SybirakówJadwiga Okołów, Uparłam się i poszłam. Zesłańcze wspomnienia, red. i oprac. nauk. A. Kietlińska, Muzeum Pamięci Sybiru, Białystok 2020.. Te wydawane są w różnych formach, także jako komiksySybir. Moja historia. Na podstawie relacji Danuty Pietrzak, t.