20), gdzie niespodziewanie powstały trudności spowodowane antagonizmami polsko-niemieckimi wskutek destrukcyjnej działalności prefekta Szymona Hagenaua i brakiem odpowiedniej kadry nauczycielskiej. Przełożeni wybrali właśnie jego z powodu bliskich kontaktów z Polakami. Po wypełnieniu misji wizytatora w Braniewie Sunyer pozostał w Polsce, gdzie aż do śmierci w 1580 z uporem i wytrwałością budował polską prowincję zakonu – od roku 1567 jako jej wiceprowincjał. Natomiast gdy w kwietniu 1574 roku generał zakonu Everard Mercurian oddzielił domy polskie od Austrii i utworzył niezależną prowincję polską, obejmującą obszar Korony i Litwy, mianował jej przełożonym dotychczasowego wiceprowincjała Sunyera. Współpracował również z królem Stefanem Batorym.
Jego największą troską było zorganizowanie nowej prowincji w taki sposób, aby pod względem naukowym oraz poziomem szkolnictwa nie ustępowała starszym prowincjom zachodnim. Prosząc Rzym o profesorów, domagał się wybitnych uczonych: Do Braniewa sprowadził m.in. Filipa Widmanstadta ze Szwabii, Adama Brocka z Anglii oraz Jana Vigera ze wschodniej Holandii. Prosił też o stopnie naukowe dla Piotra Skargi i Jakuba Wujka. Rzym nie mógł uwzględnić wszystkich próśb, ale znając wymagania Sunyera, posyłał do Polski ludzi dobrze przygotowanych.