W 1920 roku objął nowo powstałą Katedrę Historii i Filozofii Medycyny na Uniwersytecie Jagiellońskim jako jej profesor zwyczajny. Tworzył program dydaktyczny obejmujący filozofię, historię oraz logikę medycyny. Własny budynek katedra otrzymała dopiero w 1938 roku. W 1924 roku Szumowski był inicjatorem pierwszego zjazdu polskich historyków medycyny, w 1925 za jego staraniem powołano do życia Krakowskie Towarzystwo Miłośników Medycyny. Od 1938 roku był członkiem korespondentem PAU. W roku akademickim 1938/1939 powierzono mu godność dziekana Wydziału Lekarskiego UJ. 6 listopada 1939 został aresztowany przez Niemców w trakcie Sonderaktion Krakau i wywieziony do obozu w Sachsenhausen. Zwolniono go z grupą profesorów 8 lutego 1940. Do Krakowa wrócił w bardzo złym stanie zdrowia. W 1945 roku powrócił na katedrę, starając się przywrócić jej przedwojenny status. W 1948 roku, wykorzystując fakt, że Szumowski po pobycie w niemieckim obozie koncentracyjnym, nigdy nie odzyskał pełni sił postanowiono przenieść go w stan spoczynku. Niebawem decyzją władz centralnych bezterminowo zawieszono wykłady z historii i filozofii medycyny. Był członkiem „Komisji Historii Medycyny i Nauk Matematyczno-przyrodniczych PAU”. Szumowski był także do 1953 roku, prezesem Komisji Klasyków Przyrodoznawstwa i Medycyny Polskiej Akademii Umiejętności.