W grudniu 1938 został administratorem, a w 1939 proboszczem parafii w Nawrze. Po wybuchu II wojny światowej pełnił krótko posługę kapelana wojskowego. Aresztowany przez Niemców w październiku 1939 w Chełmży, trafił do Fortu VII w Toruniu. Uniknął losu brata, rozstrzelanego w toruńskiej Barbarce; wraz z grupą duchownych i inteligencji został przeniesiony do więzienia w Gdańsku Nowym Porcie, a następnie do obozu koncentracyjnego w Stutthofie i Sachsenhausen-Oranienburg (numer obozowy 20998). Dzięki interwencji byłych parafian z Tczewa odzyskał wolność 15 października 1940, zastał jednak plebanię zasiedloną przez Niemca i na polecenie gestapo zamieszkał w Biskupicach koło Torunia. Pod pseudonimem Piotr włączył się w działalność konspiracyjną w Związku Jaszczurczym (współpracował z ks. Pawłem Guttmannem, komendantem Okręgu Pomorskiego tej organizacji) i w Narodowych Siłach Zbrojnych. W obawie przed ponownym aresztowaniem ukrył się w Czemlewie u rodziny Bendigów, gdzie prowadził kancelarię szefa Wydziału II (wywiadowczego) Pomorskiego Okręgu Związku Walki Zbrojnej – Armii Krajowej Franciszka Bendiga (pseud. Ksawery) oraz spisywał obozowe wspomnienia. Był też szefem Tajnego Obozu Narodowo-Radykalnego.