Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 został dowódcą odtworzonego batalionu KOP „Budsław”. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został ranny w walce z sowietami. Wraz z resztkami batalionu był internowany na Litwie. Po odzyskaniu wolności wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR i w stopniu majora pełnił stanowisko dowódcy 17 pułku piechoty w okresie od 11 do 17 września 1941 oraz jako pełniący obowiązki do 23 lutego 1942. Podczas ewakuacji i pobytu w Iraku pełnił funkcję szefa sztabu tego pułku. W 1944 sprawował stanowisko dowódcy przemianowanego 17 Lwowskiego batalionu strzelców w ramach Polskich Sił Zbrojnych. Wówczas uczestniczył w bitwie o Monte Cassino. Później został mianowany na stopień podpułkownika. Od grudnia 1944 do listopada 1945 był zastępcą dowódcy 4 Wołyńskiej Brygady Piechoty.
Do końca życia pozostawał w stopniu podpułkownika. Zmarł po długiej chorobie 2 czerwca 1973 w Krakowie. Został pochowany 8 czerwca 1973 na Cmentarzu wojskowym przy ul. Prandoty w Krakowie (kwatera 8 WOJ-12-9). Był żonaty, miał syna. mały|Grób Mieczysława Baczkowskiego na cmentarzu wojskowym przy ul.