W okresie 2016–2019 był dyrektorem Departamentu Wojskowych Spraw Zagranicznych w MON — nadzorując bilateralne relacje, attaché obrony oraz sprawy międzynarodowe resortu.
W latach 2020–2021 pełnił funkcję Zastępcy Szefa Sztabu ds. Wsparcia (DCOS Support) w Dowództwie Operacyjnym Rodzajów Sił Zbrojnych RP.
Postanowieniem Prezydenta RP Andrzeja Dudy z dnia 25 lutego 2021 został mianowany z dniem 1 marca 2021 na stopień generała brygady. Akt mianowania odebrał 1 marca 2021 z rąk Prezydenta RP w Pałacu Prezydenckim.
Od kwietnia 2021 r. służy w Multinational Corps Northeast (MNC-NE) w Szczecinie jako Deputy Chief of Staff for Support / Zastępca Szefa Sztabu ds. Wsparcia (DCOS Support), odpowiedzialny za zasoby, logistykę, łączność oraz wsparcie Korpusu (zarządy J1, J4, J6, J8 i JMED).
Życie prywatne i zainteresowania Tomasz Kowalik jest żonaty, ma troje dzieci. W młodości uprawiał sport wyczynowo — koszykówkę, piłkę ręczną, tenis stołowy, racquetball, biegi na orientację i biegi długodystansowe. Obecnie ćwiczy bieganie, pływanie i grę w ping-ponga.