KRU Tarnów była jednostką mobilizującą. Zgodnie z poprawionym planem mobilizacyjnym „W” komendant RU był odpowiedzialny za przygotowanie i przeprowadzenie mobilizacji baonu wartowniczego nr 54 z wyjątkiem mobilizacji materiałowej, za przygotowanie której odpowiedzialny był dowódca 16 pułku piechoty. Baon wartowniczy mobilizował się w I rzucie mobilizacji powszechnej z wyjątkiem kompanii wartowniczej nr 1/54, która była mobilizowana w mobilizacji niejawnej, w grupie jednostek oznaczonych kolorem żółtym. Kompania wartownicza nr 1/54 miała osiągnąć gotowość w ciągu 24 godzin (A+24), natomiast cały batalion czwartego dnia mobilizacji powszechnej.
Zmobilizowany batalion należał pod względem ewidencyjnym do Ośrodka Zapasowego 6 Dywizji Piechoty. Dowódcą batalionu został mjr piech. posp. rusz. inż. Józef Czajka, który w kwietniu 1940 został zamordowany w Katyniu.